控诉方与法院对于同一案件事实清楚与否存在理解上的冲突时，剔除案外因素不论，其原因主要来自于两个方面：一是控诉方与法院所倚立场差异，二是对“案件事实清楚”标准理解不一。
从控诉方所倚立场看，控诉方控诉的目的是追诉犯罪行为。根据法律的规定，控诉方只有在认为“案件事实清楚”的情况下，才能提出控诉。刑事诉讼法第一百四十一条的规定，人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。在公诉案件中，如果控诉方认为案件事实不清，就不可能作出起诉的决定。所以，除非在诉讼过程中辩护方提供充分的证据对控诉方提出的证据进行质疑，否则在诉讼过程中，控诉方必然始终认为案件事实已经清楚了。但正如有学者所言：这只是检察机关单方面认定，并不同于审判阶段经控辩双方质证、辩论以后中立裁判者所得出的结论。虽然法律要求检察机关应当客观、公正地决定是否提起公诉，但受检察机关的职能以及所处诉讼阶段影响，此时的认定不可避免地带有单方性和偏向性。[73]
导致控诉方与法院对于同一案件事实是否清楚理解冲突还有一个重要的原因是对于“清楚”标准的确定。如上所述，刑事诉讼法规定的提起公诉的标准之一是“犯罪事实已经查清”，所谓“已经查清”当然是指公诉机关（或自诉人）认为案件事实清楚。但这里的“已经查清”与有罪判决中的“清楚”是否完全一致？如果完全一致，那么两者对案件事实清楚的理解就不应当存在分歧，否则就会由于对标准理解的差异导致分歧。从刑事诉讼法学界的观点看，一般认为，公诉标准与有罪判决标准应当有差异，两者具有一定的层次性。例如，有学者认为，无论是从立法还是学者解释来看，我国有罪判决的证明标准比提起公诉的证明标准更为严格，二者之间具有层次性。[74]其层次性表现为提起公诉的标准要低于有罪判决的标准。但从诉讼法规定看，我国提起公诉的标准与作出有罪判决的标准在用语上没有多少差异。所以有学者认为，刑事证明标准的层次性未能在我国刑诉法中得到充分体现。[75]有学者则更是明确地指出，在我国移送起诉、提起公诉、判决有罪的证明标准实际上是一致的，都可表述为“犯罪事实清楚，证据确实、充分”。[76]既然提起公诉的证明标准与有罪判决的标准实质上存在差异，但刑事诉讼法的立法表达中又没有对两者作出区分，那么在刑事审判中就不可避免地出现控诉方与裁判者对于案件事实是否清楚理解上的分歧。这种分歧在司法实践中会导致案件事实认定的困难，正如有学者所言：“公、检、法各机关之间经常因为对客观真实产生歧义，乃至互相扯皮、推诿、拖延诉讼时限，个别案件由于证明标准不统一，导致打击不力，形成错案。”[77]
当控诉方与裁判者对于同一案件事实是否清楚理解上存在分歧时，如何解决两者的分歧？根据裁判终局性原则，对于案件事实是否清楚最终以裁判者的认识为依据。这是否意味着控诉方关于案件事实清楚与否的认识在司法实践中没有意义？其实不然。刑事诉讼法第一百八十一条规定，地方各级人民检察院认为本级人民法院第一审的判决、裁定确有错误的时候，应当向上一级人民法院提出抗诉。根据该规定，地方公诉机关在案件审理过程中认为案件事实清楚、证据确实充分而法院认为事实不清，公诉机关可以提出抗诉。第二百零五条第三款规定，最高人民检察院对各级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，上级人民检察院对下级人民法院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现确有错误，有权按照审判监督程序向同级人民法院提出抗诉。根据该规定，最高人民检察院认为案件事实清楚但最高人民法院认为事实不清，可以根据审判监督程序向最高人民法院提出抗诉。刑事诉讼法第一百八十条规定，自诉人和他们的法定代理人，不服地方各级人民法院第一审的判决、裁定，被告人的辩护人和近亲属，经被告人同意，可以提出上诉。虽然经过人民检察院抗诉或自诉人上诉后案件仍由人民法院审理并由后者作出裁判，但抗诉或上诉有可能改变人民法院关于案件事实是否清楚的看法。
在案件审理过程中，控诉方和法院均认为案件事实清楚，但被告人（或辩护人）可能认为案件事实不清。这种理解上的冲突是经常发生的。这主要是由被告人（或辩护人）的诉讼地位决定的，因为在刑事诉讼中被告人处于被追诉的地位，被告人为逃避责任往往会千方百计拒绝承认犯罪事实，辩护人为维护被告人的利益也会基于与公诉方不同的视角理解和运用案件中的证据，导致对案件事实清楚与否理解的不一致。当被告人（或辩护人）与法院对于案件事实是否清楚存在分歧时，如何解决这一分歧？刑事诉讼法第一百八十条规定，被告人和其法定代理人，不服地方各级人民法院第一审的判决、裁定，有权用书状或者口头向上一级人民法院上诉。被告人的辩护人和近亲属，经被告人同意，可以提出上诉。虽然经过被告人上诉后案件仍由人民法院审理并由后者作出裁判，但上诉有可能改变人民法院关于案件事实是否清楚的看法。
综上所述，案件事实清楚的主体应当是作为裁判者的人民法院、作为控诉方的公诉人或自诉人、作为被追诉者的被告人及其辩护人。当不同的刑事诉讼主体对案件事实是否清楚存在理解上的冲突时，裁判中以人民法院的认识为标准。
（二） “清楚”的标准
根据《现代汉语词典》的解释，清楚有三个方面的内容：一是指事物容易让人了解、辨认，如字迹清楚；二是对事物了解很透彻，如头脑清楚；三是了解，如这件事的经过他很清楚。[78]《刑事诉讼法》第一百六十二条第（一）项规定的案件事实清楚是指哪个层面的“清楚”？这里的“清楚”是指第三种含义，即案件事实清楚是指刑事诉讼主体对案件事实了解、明白。
那么以什么样的标准衡量刑事诉讼主体是否已经对案件事实了解、明白了呢？这就存在一个清楚的标准问题。对于清楚的标准刑事诉讼法学界没有直接加以探讨。从已有研究看，刑事诉讼法学界都是研究刑事诉讼证明的标准问题。如前所述，从另一个角度看，刑事证明标准即有罪判决标准，只要控诉方的证明达到了刑事证明的标准，从实体法的角度看裁判者就应当作出有罪判决。刑事证明标准是刑事诉讼主体运用证据证明争议事实、论证诉讼主张以使裁判者信服、从而作出有利于已方判决的标准。该标准的实质即在于将已方的诉讼主张证明到使裁判者信服的程度。证明达到何种程度时裁判者会信服呢？就有罪判决而言，裁判者认为案件事实清楚了，才会作出有利公诉方的裁判。
“案件事实清楚”本身极为概括、抽象，无法作为司法实践中衡量证明是否达到了证明的程度要求，所以刑事诉讼法学界提出了诸多理论性的标准，如客观真实标准、法律真实标准等。所谓客观真实标准是要求刑事诉讼证明达到客观真实的程度，即“法院判决中所认定的案件事实与发生的事实完全一致”[79] ，“要求司法人员的主观认识必须符合客观实际”[80]。而法律真实论者则强调刑事诉讼中不存在纯粹的客观真实，只有法律上的真实，“所谓法律真实，是指公、检、法机关在刑事诉讼证明的过程中，运用证据对案件真实的认定应当符合刑事实体法和程序法的规定，应当达到从法律的角度认为是真实的程度。”[81]
客观真实与法律真实标准实际上并没有解决有罪判决的具体实体法标准问题，因为何谓“法院判决中所认定的案件事实与发生的事实完全一致”或“达到从法律的角度认为是真实的程度”仍然是一个模糊的概念。为了给刑事审判中的裁判者提供一个可供操作的有罪判决实体法标准，刑事诉讼法学界回归到“证据确实、充分”这一概念，认为刑事证明的标准即：（1）据以定案的证据均已查证属实，（2）案件事实均有必要的证据予以证明，（3）证据之间、证据与案件事实之间的矛盾得到合理排除，（4）得出的结论是唯一的，能够排除其他可能性。[82]
