1998年6月最高人民法院发布的《关于执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》第五十二条规定，需要运用证据证明的“案件事实”包括：（一）被告人的身份；（二）被指控的犯罪行为是否存在；（三）被指控的行为是否为被告人所实施；（四）被告人有无罪过，行为的动机、目的；（五）实施行为的时间、地点、手段、后果以及其他情节；（六）被告人的责任以及与其他同案人的关系；（七）被告人的行为是否构成犯罪，有无法定或者酌定从重、从轻、减轻处罚以及免除处罚的情节；（八）其他与定罪量刑有关的事实。这些事实均为实体法事实，不包括程序法事实。
所以，我们认为，刑事诉讼法中的“案件事实清楚”是仅仅指实体法事实，而不包括程序法事实。这一理解与刑事诉讼学界关于“案件事实清楚，证据确实、充分”是实体法证明标准的观点一致。
（二）现行有罪判决实体法标准之质疑与完善
《刑事诉讼法》第一百六十二条第（一）项规定的“案件事实清楚，证据确实、充分”这一有罪判决标准是不科学的。其缺陷主要在于三个方面：
首先，表达上的逻辑错误。从证明关系上看，证据是证明案件事实的根据，是认定案件事实的手段。[10]即刑事证明的手段与目的两者逻辑关系上，刑事证据是手段，案件事实被证明清楚是证明的目的。基于“手段在前、目的在后”这一逻辑关系，有罪判决标准的立法表述就应当为：“证据确实、充分，案件事实清楚”，而不是现行刑事诉讼法中的“案件事实清楚，证据确实、充分” 。
其次，证据标准的必要性不足。现行刑事诉讼法将有罪判决的标准表述为“案件事实清楚，证据确实、充分”，实际上是将事实标准与证据标准并列作为有罪判决的实体法标准。我国刑事诉讼法学界也有部分学者认为，有罪判决的标准中事实标准与证据标准应当同时具备，缺一不可。例如有学者认为：“犯罪事实清楚”与“证据确实、充分”密不可分：前者必须建立在后者的基础之上，没有后者就不可能有前者；前者又必须在后者中得到体现和落实，两者不可偏废。[11]
在有罪判决的实体法标准中，事实标准和证据标准是否真的“不可偏废”？如上所述，从目的与手段的关系上看，将案件事实证明清楚是控诉方在刑事诉讼中必须达到的证明要求，也即刑事诉讼中法院作出有罪判决的标准；而证据只不过是控诉方达到其证明要求的方式和手段。“证据确实、充分”恰恰是对证据这一手段或方式的质和量的要求。案件事实要被证明清楚当然不可缺少确实、充分的证据支持，但这并不说明“证据确实、充分”是有罪判决的标准。实际上，要查清案件事实，刑事诉讼中不但要有确实、充分的证据，要有合格的控诉者、裁判者，还要求有合法的程序且刑事诉讼的参与人均依程序而行动，等等。如果将“证据确实、充分”作为有罪判决的标准，我们是否也应当将“适格的控诉者”、“合格的裁判者”以及“程序合法”等作为有罪判决的标准？对于这一问题，立法没有作出这样的规定，理论界也不会给出肯定性的答案。
我们认为，既然刑事诉讼法的任务在于保证准确、及时地查明犯罪事实，正确应用法律，惩罚犯罪分子，保障无罪的人不受刑事追究，有罪判决的实体法标准就应当是“犯罪事实清楚”。至于是如何达到“犯罪事实清楚”则是证明过程、证明方法的问题。在刑事诉讼法规定有罪判决实体法标准时，只需规定“犯罪事实清楚”即可，不可将“证据确实、充分”作为其标准的并列内容。
再次，“案件事实”的表达不明确。现行刑事诉讼法在表述有罪判决的标准时使用的是“案件事实清楚”这一短语。这一表述模糊不清，导致了理解上的分歧。虽然由于刑事诉讼法的特定性限定了这里的“案件事实清楚”是指刑事案件的事实，但刑事案件的事实到底是指哪些事实？是实体法事实、程序法事实还是证据法事实？在1979年刑事诉讼法中没有使用“案件事实”这一短语，在该法第九十六条、第一百条和第一百零八条均使用的是“犯罪事实”这一短语。显而易见，“犯罪事实”是指刑事案件的实体法事实，而不包括程序法事实与证据法事实。现行刑事诉讼法第一百三十七条和第一百四十一条使用的也是“犯罪事实”这一短语。从法律用语的一致性上看，现行刑事诉讼法第一百六十二条中的“案件事实”实际上也就是“犯罪事实”。
综上所述，我们认为应当将有罪判决的实体法标准表述为“犯罪事实清楚”。在立法作出修改前，我们在探讨有罪判决标准时仍然援用“案件事实清楚”这一概念。
二、“案件事实”解读
何为“案件事实”？刑事诉讼法学界一般认为，“案件事实”是指案件中与定罪量刑有关的事实。例如，有学者认为，所谓“事实清楚”，就是要求对涉及犯罪构成和定罪量刑的案件事实都应当查清楚。[12]有学者认为，所谓“事实清楚”，是指案件中的待证事实都得到了证明，即与定罪量刑有关的事实和情节都必须查清，对那些不影响定罪量刑的细枝末节，则不要求都查清楚。[13] 但也有观点认为，“案件事实”仅指犯罪构成事实，如有学者认为：“事实清楚就是要求犯罪构成的事实清楚，与构成要件的事实无关的其他事实没有查清，不影响定罪。”[14]
根据《刑事诉讼法》第一百六十二条第（一）项的规定，案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，法院应当作出有罪判决。这说明，有罪判决的前提是犯罪事实已经被查清，如果犯罪事实不清就不能作出有罪判决。但作出有罪判决并不意味着裁判者只需查清定罪事实而对量刑事实置于不顾。刑事司法活动总是围绕定罪量刑来进行的。[15]从刑事审判中有罪判决结果看，有罪判决判决书的结尾部分要从实体上解决两个方面的问题：一是被告人构成何罪，二是被告人承担什么样的惩罚。前者由定罪事实决定，后者由量刑[16]事实决定。所以，“案件事实”应当是定罪事实与量刑事实。
刑法学界通说认为，犯罪——刑事责任——刑罚的逻辑结构是整个刑法内容的缩影；从刑事案件有罪判决作出的整个过程看，认定犯罪——确定刑事责任——决定刑罚，完整地反映了办理刑事案件的步骤和过程。[17]这就存在一个问题，即除了定罪事实和量刑事实以外，是否存在独立的刑事责任事实？笔者认为，虽然理论上和实践中刑事责任均具有独立存在的意义，但刑事责任并无其独立的事实因素。在刑事审判中，裁判者要解决被告人刑事责任的有无及刑事责任的大小问题。刑事责任的有无问题涉及被告人的行为是否构成犯罪，刑事责任的大小关及是否惩罚行为人以及用什么样的方式惩罚犯罪人。刑事责任有无的事实因素与定罪事实重合，刑事责任大小的事实因素与量刑事实重合。既然刑事责任本身没有独立的事实因素，那么在刑事审判中裁判者要查清的事实就只有定罪事实与量刑事实。
