反对说则认为，举证责任倒置规则缺乏合理的根据。例如，有人说“倒置”必须有一个“正置”的前提。只有知道“正置”的举证责任分配，才谈得上“倒置”。但我国并不清楚举证责任的“正置”，如何能言“倒置”呢？[6]有人甚至尖锐地指出：“在尚未确定证明责任分配标准‘正置’的情况下，谈论“举证责任倒置”是一种学术上的失误或不负责任的表现。[7]
值得注意的是，一位对德国证据制度了解比较深入的专家也表达了同样的忧虑。他写道：“在司法实践、法学教育和科研中，人们经常将实体法上的特殊证明责任分配称为‘举证责任的转换或者倒置’，这是很不准确的，而且容易引起误解。因为对该具体的规范来说，证明责任已经由立法者事先设定好了，怎么能在诉讼中随意被‘转换或者倒置’呢？除非我们表面上说的是‘转换或者倒置’，而实际上是指立法者没有遵循证明责任分配的基本规则而做了特殊的分配。”[8]
在我国理论界存在上述不同甚至对立观点的同时，司法实践中也出现了不少抱怨，认为举证责任倒置的范围过于笼统，不利于保护被告。如有人在谈到方法专利侵权案件时认为：“对1993年以前申请或者已经授予专利权的制造方法发明专利，发生侵权纠纷时，在举证责任上仍应依照旧专利法之规定，一律实行举证责任倒置。即由制造同样产品的单位或者个人（被控侵权人）提供其产品制造方法的证明。只要原被告之间制造的产品相同，专利权人认为或者怀疑被控侵权人是使用其专利方法制造的产品，就可以提起方法专利侵权诉讼，这时就应当实行举证责任倒置。可见，这一规定对专利方法所制造的产品范围上并没有加以限定，对专利权人方法专利的保护过于宽泛，对被告的要求过于苛刻。”[9]
（二）意见分歧的根源
出现上述意见分歧的主要原因是，从举证责任倒置的源流和发展来看，到目前为止，它尚未形成一套令人满意的系统的理论，换句话说，它客观上缺乏牢固的理论支持。
举证责任倒置规则最早产生于德国。令人惊讶的是，德国人一反崇尚理论的传统，通过判例逐步发展了这项规则。在审判实践中，法官们发现，在某些特定的情况（如公害、产品责任和医疗事故等新型侵权诉讼案件）下，适用证明责任分配的基本规则往往导致了不公平的后果，需要采用特别规则来处理这些问题，即免除应由此方当事人承担的证明责任，“由彼方当事人对本来的证明责任对象从相反的方向承担证明责任”[10]。这样经过长期的实践积累，举证责任倒置规则作为一项“法官规则”终于获得了事实上的地位。[11]
在德国，这项规则大致具有两种不同的功能。一是具有分配举证责任的功能。例如，在产品责任诉讼、公害诉讼、违反职业义务的诉讼和医疗责任诉讼中，举证责任倒置就承担这种功能。这是它的主要功能。[12]二是惩罚功能。例如，在民事诉讼中，如果不负担证明责任的当事人伪造、隐匿或者销毁证据（无论主观上是故意或是过失），构成证明妨碍，德国联邦最高法院大都要通过证明责任倒置予以惩罚。
