我国长期以来实行财务会计与税务会计合一的制度，上个世纪90年代以后二者才逐渐分离，但
会计法对税法的影响依然很大，二者使用的一些基本概念也是相同或相通的。
因此，税务当局在拟订有关股权转让的课税规章时，可能自觉不自觉地将股权与长期投资联系起来。这从规范性文件的表述中也可以得到一些印证，例如股权转让人被称为“投资方”，其拥有股权的企业则是“被投资企业”，等等。
另一方面——可能也是更关键的因素，最初确认股权转让持有收益的两个规范性文件，无论是针对外商投资企业股权重组的《外资重组规定》，还是针对内资企业改制的[1998]97号，它们适用的事项都非常明确：企业改组、改制行为。其背景是1992年邓小平南巡之后，全国范围内逐渐兴起的企业组织形式与经营机制的大转换，特别是传统国有企业的公司制改革，以及外商投资企业控股公司的组建。 在这一波改制、重组浪潮中，转让股权的主体基本上都是原始出资人，所转让的股权当然属于“长期投资”。这些现实因素，无疑强化了税务当局关于转让中的股权当然具有长期持有特征的意识。
然而，今天看来，将股权等同于长期投资的观念与是非常不合时宜的。在现代市场经济中，股权转让是一种普通的、常见的企业财务运作行为。取得一个企业的股权并不一定是为了经营，而是为了转手获利。股权持有人与其持有股权的企业之间的关系并非传统的“投资方”与“被投资企业”的关系，而是商人与商品之间的关系。企业本身成为买卖的对象。股权持有期限大大缩短，股权转让与股票转让之间的区别也模糊起来。这一切，无疑彻底颠覆了我国传统财务会计制度“股权=长期投资”、“股票=短期投资”的理念。
问题是，税务当局意识到了吗？
七、重新认识股权转让所得税规则的冲突
基于上面的分析来重新解读我国税法关于股权转让所得确认的一系列文件，可以对它们之间的冲突获得一种新的理解。
应该说，早期税法确认持有收益，并将持有收益作为股息性所得看待，逻辑上还是站得住的。在它们所适用的范围内，企业的改组、改制不仅体现出转让人长期持股的特征，而且，由于改制前后企业之间的承接关系，股权转让通常是与企业资产负债的移转同步进行，对股权的定价基本上也与企业净资产挂钩。其中，在国有企业股权的转让中，基于净资产的定价方式更是法律确定的底线。 在这种情形下，股权转让人的持有收益与处置收益（如果有的话）基本上可以清晰地分辨开来。
不仅如此，通过确认持有收益，避免对股息性所的重复征税，税法也间接发挥了配合宏观经济全局、促进企业改制的政策性功能。从这个意义上说，我国税法提出股权转让所得中的持有收益这一概念，可以视为一种富有实践智慧的创造。即使其在理论上先天不足，但它毕竟在特定的时期、特定的环境中发挥过积极的作用。从域外的经验来看，对于企业改制、重组给予必要的税收优惠，也是一些发达国家所采取的做法。
然而，随着时间的推移，上述改制、改组的特定背景已经逐渐淡去，股权转让在我国迅速成为一种普遍化的资本运作行为。资本市场的发展也为股权的迅速转让创造了条件。同时，对股权的定价也不再单纯与被投资企业的净资产挂钩，交易当事人开始采用各种资本定价理论。这样，股权转让所得中的持有收益不论是确认逻辑还是实际计量都遭遇到很大挑战。从这个意义上说，国家税务总局2000年出台的《股权投资通知》，改变股权转让所得的计算口径，不再考虑持有收益，实际上是对上述变化了的经济环境的一种理性的反应。
