在股息与资本利得税负不同的情形下，税法上如何规定股权转让所得的计算口径，是否确认其中可能存在的持有收益，对于企业纳税人转让股权的行为，特别是转让时机的选择，有直接的影响。具体来说，如果税法不区分“持有收益”与“处置收益”，而是要求将股权转让价与成本价的差额全部作为应税所得，则股权持有人将倾向于在被投资企业将留存收益全部分配之后进行股权转让，从而最大限度地利用股息免税的好处。相反，如果税法规定，股权转让所得中的“持有收益”部分可视为股息，则股权持有人就不会太在意被投资企业的利润分配。因为，不论被投资企业分配与否，股权转让人都可以从作为计税基础的股权转让所得中，剔除对应于被投资企业留存收益部分的“持有收益”。
二、我国税法对股权转让所得的规定及其内在冲突
我国最早提出对股权转让征税的法律文件，是1994年财政部发布的《
企业所得税暂行条例实施细则》，
不过，具体的计征办法是在国家税务总局数年后出台的规范性文件中逐渐明确的。因循企业所得税内外有别的传统，在股权转让收益征税问题上也出现了内、外资企业各自适用的规章：
——对于外商投资企业：1997年4月，国家税务总局发布了《关于外商投资企业合并、分立、股权重组、资产转让等重组业务所得税处理的暂行规定》（国税发[1997]71号），以下《外资重组规定》），对外商投资企业的股权转让收入如何征税作出了明确而具体的规定。
——对于内资企业，国家税务总局在1998-2000年间先后出台了一系列的规定，包括《企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定》（国税发[1998]97号，以下简称《内资改制规定》），《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发〔2000〕118号，以下简称《股权投资通知》）、《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发〔2002〕119号）等。
在上述规范性文件中，国家税务总局在1997-98年间实行的政策是区别股权转让所得中的“持有收益”与“处置收益”，将“持有收益”作为股息性所得看待，免予纳税。1997《外资重组规定》与1998《内资改制规定》对此的表述几乎完全一致：
“股权转让收益或损失＝股权转让价－股权成本价
“股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额；如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等股东留存收益的，股权转让人随转让股权一并转让该股东留存收益权的金额(以不超过被持股企业帐面分属为股权转让人的实有金额为限)，属于该股权转让人的投资收益额，不计为股权转让价。”
然而，2000年以后，国家税务总局似乎改变了以往的做法，在其发布的《股权投资通知》中，不再区分“持有收益”与“处置收益”，而是将整个股权转让收益视为资本利得，其规定如下：
“企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。”
《股权投资通知》并没有界定股权转让的概念，也没有明确自己的适用范围，只是在通知的最后有一条：“此前规定与本通知规定不一致的，按本通知规定执行”。由此，在实务中引发了关于《股权投资通知》与《外资重组规定》、《内资改制规定》之间的效力关系的争议。多数人理解《股权投资通知》取代了《内资改制规定》的规则，股权转让中不得再确认并扣除持有收益。一些人甚至认为《外资重组规定》确认持有收益的规则也不再适用。 实践中也出现了大量将股权转让时机与利润分配联系起来的税收筹划。
