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所有疑惑的核心，都系于股权转让所得中的“持有收益”。对此，《补充通知》本身不可能给出答案。
四、 股权转让所得中持有收益确认的约束条件
跳出烦冗琐碎的实务，从理论的层面来观察股权转让所得中的持有收益，笔者有一个惊讶的发现，这似乎是一个中国税法中独有的概念。从国外来看，即便是发达市场经济国家，对股权转让所得的课税几乎都没有单独确认“持有收益”，而是适用资本利得的一般公式。 更让人费解的是，国内税收理论（包括财税法研究）与实务界似乎都从未注意到这一概念的独创性以及它可能蕴涵的理论上贡献（当然也可能是理论上的缺陷），报刊上零星的讨论都只不过是对税法规范性文件的一种适用性解释。 可以说，关于股权转让中的持有收益，最原始的出处、最具体的描述与最权威的解释都是同一个——国家税务总局确认持有收益的《外资重组规定》与《内资改制规定》中的表述：
“被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等股东留存收益的，股权转让人随转让股权一并转让该股东留存收益权的金额(以不超过被持股企业帐面分属为股权转让人的实有金额为限)，属于该股权转让人的投资收益额，不计为股权转让价”。
上述文字在《补充通知》中更精练地表达出来：“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。”
从逻辑说，把持有收益等同于“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积”的确认方式并不当然成立，至少它还需要一些约束条件。顾名思义，“持有收益”应当是投资人在持有股权期间基于被投资企业经营活动的新增盈利而获得份额，它必须经过一定的营业期间才可能显现。这就意味着股权应长期持有。如果只是短期持有，甚至取得股权后数日后就转手，持有期间内被投资企业尚未报告新的盈利。这样，“股权转让价”与“股权成本价”中所包含的被投资企业的留存盈余很可能是相同的，二者的差额就不含有持有收益，而是纯粹的股权处置收益。
另一方面，即使是长期持有的股权被转让，股权转让所得中理应包含持有收益，但这还需要转让交易的双方对股权的定价与被投资企业的净资产的各部分相联系，最好能明确转让中至少包括“股权+股东留存收益权”两部分，以便将一部分转让款确认为持有收益。显然，这一条件在现代资本市场中很难实现。现代财务管理理论对股权的定价并不拘泥于企业的净资产或保留盈余，最有代表性的方法是根据企业未来创造的现金流或未来各年度支付的股利进行贴现所得到的现值之和，即收益现值法。 由此而得到股权转让差价，与股权持有期间公司新增盈利以及持有人应享有的份额之间的数量关系并不清晰，很难准确计量哪一部分股权转让收入就是持有收益。如果考虑到股权转让时可能存在的各种非市场因素，股权转让所得的构成就更加不确定了。
如此看来，域外各国都不确认股权转让中的持有收益，非不为也，实不能也！
五、现行持有收益确认方式的缺陷分析
或许有人会主张，收益现值法等现代资产定价理论主要适用于发达市场经济国家，我国的股权转让作价主要还是采取以净资产为准等传统方式。 即便如此，我国税法关于持有收益的确认/计量方式，也可能只是在企业原始股东、特别是长期持股的原始股东基于净资产而转让股权的情形下比较容易操作。对于这些投资人而言，其出资构成了被投资企业的实收资本以及资本公积（资本溢价部分），被投资企业日后经营活动产生的利润，已分配的当然已成为股息，未分配的作为“盈余公积”和“未分配利润”留存于被投资企业当中。当若干年后原始股东转让股权、特别是以净资产为计价基础转让时，可以比较清晰地识别出其中属于“持有收益”的部分，即“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积”。
相反，对于后任股东来说，即便转让是以净资产为基础计价的，其取得股权的成本中也就包含了一部分被投资方累计未分配利润和累计盈余公积。当其再转让股权时，如果继续套用“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积”的计量方式，就会高估、甚至虚拟出股权转让所得中的“持有收益”部分。
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