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用一个例子可能看得更清楚一些。
2000年5月1日，A公司出资950万与B公司出资50万设立S公司，A 、B各占95%、5%的股份。2003年5月1日，S公司的所有权权益为：注册资本1000万，盈余公积200万，未分配利润100万。假定该日A公司将其在S公司中的全部股权以1500万元转让给C公司。一周后，C公司加价50万，以1550万元的价格把该股权转让给D公司。A、B、C、D、S公司适用的所得税率均相同。
对于原始股东A公司而言，其股权转让中的持有收益与处置收益大致可以辨析出来。转让S股权收益为550万元（转让价1500万元-股权成本价/出资950万元），其中，A应享有的S公司累计盈余公积和累计未分配利润部分为285万（95% x300）。按照《补充通知》，转让持股95%以上的子公司的股权，该部分可作为股息性所得。550万剔除285万后剩余部分为A公司的处置股权所得。
相反，对于后任股权D公司而言，其转让S股权作价1550万元，股权成本价为1500万元，差额50万元。依常识判断，D公司实现了股权处置收益50万元。然而，如果按照现行税法关于持有收益的计算方式，由于D公司在转让前也享有S公司累计盈余公积和累计未分配利润285万（95% x300），该部分应作为股息性所得从股权转让价中剔除。这样一来，D公司处置S公司股权的收益为负- 235万元（1550-285-1500），因此D公司的股权转让交易是亏损的！
这一结果显然非常荒谬。之所以如此，就是因为D公司按照现行税法的计算方式被虚拟出了285万元的持有收益，而这285万并非持有收益，相反却是D公司为取得股权所支付1500万元中的一部分。因此，D公司不能再从股权转让价中剔除本不存在的“持有收益”。其转让股权获得的50万收益源于“股权转让价（1550万元）— 股权成本价（1500万元）”，这是纯粹的股权处置收益。
对此，我们甚至还可以用最简单的逻辑来推理：顾名思义，“持有收益”是持有股权期间被投资方净资产的增长。D公司获得股权一周后就转手卖出，如何能够产生持有收益？
上面的例子也在一定程度上展示了《补充通知》所存在的缺陷，那就是根据持股比例（95%）而不是持股时间来划分是否可以确认持有收益。如例所示，即便是持股95%以上的股权转让，如果不是长期持有，股权转让所得中的“持有收益”可能根本不存在；即便存在，也很难量化，无论如何也不会等于“投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积”。
六、对持有收益规则缺陷的一种理论解释
至此，逻辑与实证的分析都展示了持股时间是股权转让中确认持有收益的必要约束，那么，为什么我国税法没有区分股权的长期持有与短期持有？笔者以为，可能有两个方面的因素导致了上述结果：第一，受财务会计制度的影响，股权投资被习惯性地视为“长期投资”而非“短期投资”；第二，持有收益规则出台的背景进一步强化了股权投资为长期投资的意识。
“股权投资”作为财务会计中的一个传统概念，通常与“长期投资”联系在一起。我国《企业会计制度》第21条规定，“长期投资，是指除短期投资以外的投资，包括持有时间准备超过１年（不含１年）的各种股权性质的投资、不能变现或不准备随时变现的债券、长期债权投资和其他长期投资。”在资产负债表中，长期投资项下通常分列“长期股权投资”、“长期债权投资”项目，它们共同的特点是流动性弱，不易变现或者不打算变现。另一方面，短期性的投资在会计实务中通常被理解为证券类的投资，如股票、债券等流动性很强的资产。虽然《企业会计制度》第16条对“短期投资”的解释是指“能够随时变现并且持有时间不准备超过１年（含１年）的投资”，但其接下来所举的例示是“包括股票、债券、基金等”，而没有出现“股权”的概念。这都体现了会计实务中的一些思维定式。
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