在第二种情形中，争端有可能发生于两WTO成员之间，但仅其中一成员为多边环境协议之缔约方。于此情形，多边环境协议中常出现多边环境协议对于第三方之效力问题。此时，厘清条约法公约第三十一条第三项第C 款所称之“当事国间关系”诚属重要：究竟哪些相关国际法规则可以在当事国间关系适用？
海龟小虾案中，上诉机构并未处理系争个案争端当事国是否恰为上诉机构所引用国际文件之缔约国问题。然而，纵使美国并非生物多样性公约之缔约方，上诉机构依旧于解释WTO相关协议时引进该公约而毫不质疑。本案之争端当事国也没有质疑上诉机构这样做是否具有正当性。因此，于本案中条约法公约第三十一条第三项第C 款之问题，并未得到澄清。
然而在生技产品案中，此一问题为核心议题。本案中，欧共体引用了生物安全议定书以为其相关措施正当化之基础。然而，争端解决小组认为“依据维也纳条约法公约第三十一条第三项第C 款，所得援引之国际法规则，必须为受解释之条约所有缔约国皆得适用者”。[32]关于此一论点，以下详细分析之。
首先，必须厘清条约法公约第三十一条第三项第C 款所称之“当事国”，究竟是“被解释条约之当事国”还是“具体争端之当事国”？关于此点，学说上亦争论不已。[33]学者Palmeter 与Mavroidis 认为，此应指“具体争端之当事国”。[34]而Marceau 则采较广之解释，认为应采“被解释条约之当事国”。[35]此外，Lennard 认为，此应指“所有WTO之当事国”。[36]根据前述不同观点，在生技产品案中，所谓适用于当事国间之国际法规则，有可能是美、加、阿根廷与欧共体间之规则（具体争端之当事国间），或者是所有WTO成员国间之规则（如采被解释条约之当事国说或所有WTO之当事国说）。不管采取哪一说，在本案中由于美国并非生物安全议定书之缔约方，而加拿大和阿根廷尚未批准该议定书，因此该议定书无适用之可能。
虽然于学说上有前述争议，争端解决小组针对此点采取了“被解释条约之当事国”说。所谓被解释之条约，当然就是指WTO之相关协议，也就是说，必须所有WTO成员皆为缔约方之相关国际法规则，于本案方有依照条约法公约第三十一条第三项第C 款而援引之可能。如此，可想见日后如欲于相关争端中援引其它国际法规则之难度。[37]但我们还是要思考一下，争端解决小组于生技产品案所采取之立场，究竟是否正当？学者Howse 注意到，相较于上诉机构在海龟小虾案中所采取之立场，本案之争端解决小组之作法，明显为一种实证主义与形式主义之倒退。[38]纵使我们认为前述条约法公约第三十一条第三项第C 款所称之“当事国间”，系指“被解释之条约缔约方间”，Howse 亦主张还是有引进其它国际法规则之可能性。因为条约法公约第三十一条第三项第C 款系指“适用于”当事国间之其它国际法规则，所谓“适用”，并非指条约之“拘束力”。因此为求WTO法与其它国际法体系之调和，有可能以“适用”为名，促成国际法体系之调和性解释。[39]从这一视角，食品安全检验与动植物防疫检疫协定（简称SPS 协议）第三条第一项也规定，“为求最大范围地调和动植物防疫检疫措施，各成员将以国际间规范、指令或建议为基准，制订其防疫检疫措施”。而此规定中，并没有要求WTO成员需为此类国际标准之缔约方。此规定恰好显示，此等国际规则如何能够“适用”于WTO成员间。[40]
其次，学者Howse 也提出质疑，在WTO中，是否需要遵循“判决先例”（stare decisis）原则。[41]于酒精饮料案中，上诉机构曾认为：“争端解决小组之报告为GATT 重要既有成果（acquis）之一……对WTO成员而言，此构成正当之期待，因此于其它争端发生时，必须将此类报告纳入考虑”。[42]自此，如果后续之报告欲变更先前WTO案例中之法律论证，理应有明确且清晰之解释。在生技产品案中，相当遗憾的是，争端解决小组并未解释为何其并不遵循于海龟小虾案中参照其它国际文件之法律解释方法。
