反观中国大陆的犯罪构成理论，其本身所具有的缺陷，加剧了刑事诉讼中证明的困难。根据中国大陆的犯罪构成理论，客体、客观方面、主体、主观方面四要件之间是一种平面拼合关系，由于犯罪构成体系将有责性要件融为一体，并将违法性要件排除在外，这种情况下的犯罪构成是一次性的综合评价，[43]不同要件认定的先后不具有逻辑上的意义。因此，犯罪构成中无法分离出基础事实与推定事实，这使得通过客观推定主观没有存在的基础，[44]犯罪构成的推定机能遭到破坏。这就要求控方对全部要件事实承担证明责任，在对犯罪基础事实进行证明的同时，还必须排除犯罪行为具备阻却违法和阻却责任的情形。[45]这无疑增加了证明的难度。
也许，改革中国大陆的犯罪构成理论体系，在设计犯罪构成时充分考虑诉讼证明中的困难，将推定的机制引入犯罪构成要件之中，是完善中国大陆犯罪构成理论体系的必由之路。但是，要实现这种改革必须面对诸多问题。比如说犯罪构成理论体系同一个国家、民族对于犯罪的认定思路、思维习惯具有直接关系，而且现行的四要件理论已经在中国大陆运用了几十年，在这种情况下要加以改变，难度可想而知。另一方面，犯罪构成理论体系的改变，还要求从事刑事诉讼的相关人员具有相应的素质和理论水平。如果修改后的犯罪构成理论体系无法被法官、检察官正确运用，那么这种修改可能会带来实践中的混乱。这同样是需要克服和解决的问题。另外，将推定功能注入犯罪构成理论体系，还需要健全相关配套机制。比如说推定会带来证明责任的转变，而中国大陆现行法律中对证明责任规定得非常简单。如何完善证明责任的规定等配套制度，以配合犯罪构成理论体系的完善，也是我们应当重视的问题。
（二）法律推定与事实推定
对于法律推定与事实推定的分类，中国台湾地区的研究中主要针对两种推定的效力及两者的区别。在具体内容方面，最能够引起我们思考的是关于事实推定的一些观点。中国台湾地区的学者普遍将事实推定视为一种推论，属于事实裁判者自由心证的范围，也就是说，事实推定在本质上并非推定，而是事实裁判者自由心证的一种方式。从另外一个方面来说，事实推定与间接证据证明并不能等同，两者之间具有差别。那么，到底应当如何界定事实推定呢？事实推定是推定的一种吗？如果事实推定与间接证据证明不能等同，那么间接证据证明与推论是什么关系呢？由此可见，上述问题在中国台湾地区刑事诉讼理论中并没有得到解决。
之所以针对中国台湾地区的事实推定提出上述问题，其实更多的是源于对中国大陆法学研究中提出的问题。对于事实推定问题，传统理论一直认为它是推定的一种，与法律推定相对应。最近有学者提出，事实推定在本质上是不存在的，因为事实推定混淆了推定与推论的界限，可能与国家的法制原则发生冲突，冲击“无罪推定”原则等。对于推定与推论的区别，该学者从应然层面、从比较法的角度考察了推定与推论的关系，认为两者存在五点区别：（1）推定因其具有一定程度的“推测与假定性”而降低了证明要求，而推论则必须符合证明充分性的一般要求；（2）推定具有“法定证据”的制度特征，而推断具有“自由心证”的制度特征；（3）推定转移了证明责任，而推论并未转移证明责任；（4）推定确立了事实认定义务，而推论则没有这种义务；（5）推定是法律问题，推论是事实问题，二者在诉讼中的意义和性质不同。[46]
从理论上讲，学者的上述观点很有道理，因为事实推定的适用由于缺乏必要的法律依据，很可能会被滥用，这种情况下很可能带来对“无罪推定”原则和国家法制原则的冲击。这意味着事实推定在某种程度上不具有正当性，但是，由此能否直接认定事实推定不成立呢？对于这种判断我们应当进行反思。比如说对于毒品犯罪案件中“明知”认定中的困难，根据最高人民检察院的规范性文件应当通过推定加以解决，这可以被看作一种法律推定；而在最高人民检察院的规范性文件制定之前，司法实践中已经将推定作为解决证明困难的一种方式，而且这些实践中的做法也是制定规范性文件的依据。对于这种没有法律依据的做法，应当如何从理论上进行界定呢？按照上述学者的观点，没有法律依据的处理方式不能被视为推定，那么由此会产生两个问题。其一，在规范性文件出现之后，这种做法被界定为法律推定，而在规范性文件出现之前，具体的做法可能与此基本一致，却不能被视为推定，这在理论上具有正当性吗？难道推定的认定是以法律规定为前提吗？其二，按照该学者的观点，推定与推论的区别在于，前者具有一定程度的“推测与假定性”而降低了证明要求，而后者不具有这种假定性。那么，司法实践中没有法律依据的、处理证明难题的假定性方式就不能界定为推定吗？难道要将具有假定性的处理方式界定为推论吗？
