三、推定之限制
作为一项证据制度，推定在刑事诉讼过程中具有引起举证责任倒置的效果；而无罪推定是现代刑事诉讼法中一条基本的准则，该项原则要求检察官在刑事诉讼过程中承担举证责任，因此推定的设置和使用与刑事诉讼上无罪推定之观念相左，不利于实体真实之发现，且某种程度上与自由心证相冲突，通说主张基本上应予禁止。[34]因此，如何有效地限制推定的设置和适用，成为中国台湾地区刑事法领域一个重要的问题。
（一）推定设置中的限制
在2003年，中国台湾地区对“刑事诉讼法”第154条进行了修改。修改前规定“犯罪事实应依证据认定之，无证据不得推定其犯罪事实”；而修改之后，将“无证据不得推定犯罪事实”改为“无证据不得认定犯罪事实”。对于这样的修正，有些学者认为没有必要，而且提出虽然“推定”一词改为“认定”，但并不表示刑事法律上可以毫无限制地设置推定。推定的设置应当同时符合以下几项要件，才能与无罪推定原则不生抵触：第一是高度设置之必要性，应当综合考虑立法政策以及社会通念加以判断；第二是举证之困难性，只有在检察官举证极为困难时始得设置；第三是合理之关联性，前提事实和推定事实之间的关联性应当合理、相当；第四是反证之容易性，被告提出证据显示推定事实不存在并非困难；最后，推定的效果应当是可能的推定，而非强制性推定，即使被告人无法提出反证，法院也不是必须认定推定事实的存在，而且被告人的反证只要能够使法官产生怀疑之程度即可。[34]
有的学者从刑法的角度，认为在某些结果要件该当性的认定中存在行为推定损害的情况，但是提出这种推定应当符合两方面的限制。其一，以行为推定实害，其正当性建立在事实经验的基础上。比如说很难想象强制性交行为有不会造成实际损害的可能性，但是对于一般事实经验并非如此稳固的犯罪类型，以行为推定实害就没有适用的余地。其二，容许反证。通过推定的方法肯定实害结果的存在，不是绝对可靠的认定，因此应当容许反证进行推翻。[36]
除了立法上的规定以及学者的讨论之外，在中国台湾地区的司法实践中对于推定的设置同样进行了审查和规制。比如在中国台湾地区的“组织犯罪防制条例”中规定了对于犯罪组织的参与。中国台湾地区“司法院大法官会议”释字第68号解释中提出，“……凡曾参与叛乱组织者，在未经自首或有其他事实证明，其确已脱离组织以前，自应认为系继续参加。……”从证据法的角度分析，此大法官解释实际上设定了推定，检察官仅需证明行为人曾有“加入”犯罪组织的行为，即得推定行为人有“参加”犯罪活动的行为；检察官仅需证明行为人曾“加入”犯罪组织或曾“一时”参加组织活动，即得推定行为人“永久”参加组织活动，被告消极地未与组织联络，或未为组织活动，不得作为脱离组织之证明。
而在2003年“司法院大法官会议”释字第556号解释中认为，“……参与犯罪组织，指加入犯罪组织成为组织之成员，而不问参加组织活动与否，犯罪即属成立，至其行为是否仍在继续中，则以其有无持续参加组织活动或保持联络为断，此项犯罪行为依法应由代表国家追诉犯罪之检察官负举证责任。……本院释字第68号解释……应予变更”。前项大法官解释的废除，意味着在组织犯罪中的该项推定被推翻，究其原因主要在于这项推定违反经验法则，因而扭曲了诉讼法上的举证责任。[37]对于上述大法官解释的变迁，如果我们从证据法、推定的角度进行分析，可以看出这实际上是对推定设置的一种限制，对于违反经验法则的推定加以否认。
通过前述介绍和分析可以看出，对于推定设置中的限制，中国台湾地区的理论探讨和实务部门都进行了一定的尝试和努力，而且限制的途径各不相同。总结前面的观点可以看出，对于设置推定的核心限制可以归纳为以下两点：推定的设置要符合经验法则，基础事实和推定事实之间应有合理的联系；推定应当容许被告人反证，法院有权据此认定推定事实，但是不应当受到强制性的限制。
（二）推定应用中的限制
推定在应用中同样受到限制，本部分将以中国台湾地区“最高法院”的两个判决为例进行简单分析。需要说明的是，中国台湾地区“最高法院”的判决在具体的用词上可能并没有使用推定的字样，但是在学者的理解和分析中，存在对于推定之限制。
