从公诉权有效性的角度而言，当前不认罪案件的处理较好地实现了犯罪控制的效果。首先，不认罪案件很少出现无罪判决，即使撤回起诉也极少发生。其次，法庭调查中检察官讯问被告人具有一定的针对性，在部分案件中能够围绕被告人不认罪或有重大争议的事实与情节展开讯问。尽管如此，也不意味着公诉权的行使能在最大限度上满足犯罪控制的要求。这突出地表现在检察官的举证方式上。调查发现，实践中检察官的举证较为僵硬与机械，即无论被告人是否认罪，检察官几乎均按证据的法定种类，分门别类地出示证据。这种常规的举证方式在认罪案件中可能并不会影响对犯罪的追诉，但对不认罪案件而言，这显然不利于控方证明责任的承担，尤其不利于说服辩方与裁判者。可以设想，一旦当下近乎惯例的证据调查方式改变，这种举证方式将很可能无法满足犯罪追诉的需要。
从被追诉人权利保障的角度审视公诉权的合法性，可以发现，当前不认罪案件处理存在的问题较多，被追诉人的权利保障并不充分。事实上，公诉权之所以能在不认罪案件的处理中达到较好的效能，在很大程度上与权利保障不充分存在一定的关系，至少这为犯罪追诉创造了较低的制约条件。概括起来，当前不认罪案件处理中被追诉人权利保障不足主要表现在以下几方面：
其一，审查起诉阶段被追诉人自我辩护权的保障程度较差。检察机关在审查起诉阶段应当讯问犯罪嫌疑人，讯问时应当“让他陈述有罪的情节或无罪的辩解”[9]。这表明，被追诉人在审查起诉阶段享有自我辩护权。所谓自我辩护权是指被追诉人针对指控进行反驳、申辩和辩解的权利[10]。也就是说，被追诉人在审查起诉阶段接受讯问时，可以从最为有利的防御角度自行决定陈述的内容，其中包括反驳、申辩与辩解。在现代刑事诉讼已将辩护权延伸至审前程序的背景下，是否尊重审查起诉中被追诉人的自我辩护权，无疑是被追诉人权利保障状况的重要标识。但调查表明，审查起诉阶段检察官讯问犯罪嫌疑人呈如下特点：一是利用讯问核实案件事实与证据的疑点；二是使用讯问技巧获取被追诉人的有罪陈述。因此，真正关注被追诉人关于犯罪事实辩解的并不普遍，也很少从被追诉人的角度听取被追诉人的辩解。实践中还有部分检察官甚至将被追诉人的辩解视为“认罪态度不好”、“想逃脱法律的处罚而进行的诡辩”等。这表明，被追诉人在审查起诉阶段依然被单纯地作为客观证据的来源，被追诉人的主体性并没有得到应有的尊重，自我辩护权的保障状况较差。
其二，庭审阶段被告人的对质权缺乏较好的保障。对质权是被告人的一项基本权利。我国刑事诉讼法并没有明确赋予被告人对质权，只是由最高人民法院与最高人民检察院以司法解释的形式规定了并不完整，甚至互相矛盾的对质权（注：关于我国刑事庭审对质权的详细讨论参见龙宗智《刑事对质制度及其改革完善》，《法学》2008年第5期。）。从调查的情况来看，即使是这些并不完整的对质权在实践中也流于形式，导致不认罪被告人的对质权缺乏应有的保障。一方面，侦查阶段形成的各种笔录材料充盈整个庭审空间，庭审基本上围绕调查书面性证据材料而展开，没有一名证人、被害人与警察出庭作证，即使是对查明案件事实有重要影响以及控辩双方争议较大的证据也是如此。这直接导致被告人无法有效地行使对质权。另一方面，检察官出示各种书面笔录材料的方式主要是摘要性、节略式宣读或介绍与概括证据材料的主要内容，全面展示其全部内容的基本不存在。这种证据出示方式以及所出示的内容几乎将被告人的质证权完全架空。
在被告人的对质权缺乏较好保障的情况下，不认罪案件的处理程序没有充分体现公正性，进而危及公诉权的合法性。上文指出的不认罪案件上诉率高于认罪案件的事实在很大程度上表明，缺乏对质权行使空间的庭审程序实际上潜藏着直接指向公诉权正当性的“权力危机”。同时，由于被告人无法有效地行使对质权，辩方的质证活动受到了制约，还可能影响案件真实的发现。
