不过，在上述总体的举证方式之下，两类案件还是有些差异，这主要体现在言词证据的书面笔录上。其一，对于被告人口供，在不认罪案件中检察官宣读的内容更多，不仅讯问的时间、地点、讯问人与记录人这些内容要宣读，具体内容也要宣读得详细些。在认罪案中可能出现的“指出位置加概括证明要点”举证模式基本不会出现在不认罪案件中。其二，尽管在不认罪案件中对被害人陈述与证人证言也有采用“指出位置加概括证明要点”的方式，但更为常见还是采用“指出位置加部分宣读”的模式，尤其是对关键性证人与被害人的陈述笔录。尽管上述差异表明检察官在不认罪案件中对言词证据的书面笔录出示的内容较认罪案件更多，但考虑到“指出位置加部分宣读”的举证方式已经与严格证明法则相悖，这种差异并不具有实质意义。
3.法庭辩论
被告人不认罪尤其是律师还做无罪辩护，意味着控辩双方对案件事实、证据采信与法律适用等问题存在的争议更大。由此，从逻辑上可推及的是不认罪案件与认罪案件的法庭辩论状况存有不同。事实是否如此呢？我们将根据相关司法解释与庭审操作实务，从法庭调查中的辩论（“小辩论”）与举证结束后的辩论（“大辩论”）两个角度来考察与分析此问题（注：《人民检察院刑事诉讼规则》第347条规定：“在法庭审理中，经审判长许可，公诉人可以逐一对正在调查的证据和案件情况发表意见，并同被告人、辩护人进行辩论。证据调查结束时，公诉人应当发表总结性意见。”《最高人民法院关于执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》第150条规定：“当庭出示的物证、书证、视听资料等证据，应当先由出示证据的一方就所出示的证据的来源、特征等作必要的说明，然后由另一方进行辨认并发表意见。控辩双方可以互相质问、辩论。”这两条司法解释实际上肯定了证据调查阶段的辩论，即实务界所说的“小辩论”。相应地，实务界则把《刑事诉讼法》160条规定的法庭辩论称为“大辩论”。）。
法庭调查阶段的辩论主要表现为控辩双方围绕证据进行辩论质证，即以一种“辩论证明”的方式，通过多侧面的观察和对立面的交锋来使证据得到检验[2]（P58）。但调查中看到的辩论却与此差异较大：无论被告人是否认罪，法庭调查中均很难形成辩论的程序场景，检察官表现得都比较消极。其一，检察官在两类案件中回应律师与被告人质证意见的情况非常少见。统计发现，在认罪案件中，检察官只回应了律师对1份证据的质证意见，回应率为20% （律师质证的证据总数是5份）；在不认罪案件中，检察官回应了律师对5份与被告人对3份证据的质证意见，回应率分别为6.25%与5.56%。对比发现，检察官在不认罪案件中回应辩方质证意见更为消极。对此，检察官给出了两个解释：一是辩方提出的很多异议并不成立，要是有疑问的话，法官也会进行补充询问；二是辩方质证意见已经当庭发表，并记录在庭审笔录中，法官会予以考虑。实际上，这更可能与当下主要通过宣读各种书面性笔录出示证据的方式有关。在证据的提供者与形成者并不出庭的情况下，一旦辩方质证，检察官并不容易找到进一步论证证据能力与证明力的手段，因为检察官在举证的过程中已经突出了证据能力问题，而关于证明力的问题又属于法官认证的范畴。
其二，检察官对辩方所举证据进行质证的情况较为少见。在不认罪案件中，检察官只对律师所举的37份证据中的2份发表了质证意见，质证率为5.41%。相比于律师和被告人对检察官所举证据的质证率（律师为24.31%，被告人为16.41%），检察官的质证实际上非常消极。由于在认罪案件中辩方并未举证，我们无法直接比较检察官在两类案件中的质证情况。不过，访谈与观察得到的结论是检察官在认罪案件中质证辩方所举证据的情况也非常少见。无论是认罪案件还是不认罪案件，检察官消极质证的制度性原因是辩方所举证据多属于书面性的材料（注：在样本不认罪案件中，律师共举证37份，其中35份属于书证，2份是同案犯书写的文字材料。），而这些材料的形成者与提供者同样不出庭，导致检察官无法有效地质证。
