应用研究是以刑法为中心展开的理论研究，其中1979年刑法与1997年刑法为对象的研究与以1997年刑法为对象的研究这两个阶段。对刑法典的研究，具有明显的实用价值，为刑法的司法适用提供了刑法理论的指导。但我们也必须看到，在刑法的应用研究中，并没有采用严格的规范方法，而是与对刑法的批评性论述混杂在一起，由此形成了司法适用与立法完善的思维模式。在立法完善的名义下，展开对法律的批评，并提出立法建议。在这一研究模式中，没有严格区分立法论与解释论。较早意识到这一点的张明楷教授批评在过去的10多年里刑法学实际上演变为刑事立法学，而不是刑法解释学。在阐述“法律不是嘲笑的对象”(Lex non debet esseludibrio)这一法律格言时，张明楷教授指出：
法制的制定者是人不是神，法律不可能没有缺陷。因此，发现法律的缺陷并不是什么成就，将有缺陷的法条解释得没有缺陷才是智慧。{27}7
这样一种刑法解释学的观念，是刑法教义学的应有之义。如何处理刑法教义与刑法规范之间的关系，是刑法教义学首先需要解决的一个问题。批评法律是容易的，而解释法律则要困难得多。实际上，批评法律根本解决不了司法所面对的问题。在这种情况下，加强刑法学的解释力是惟一途径。随着德日刑法学知识不断地引入我国，有关刑法教义对我国刑法也发挥了解释功能。例如我国《刑法》第239条规定的绑架罪，其中的勒索型绑架，是以勒索财物为目的的绑架。在刑法颁行之初，对该种犯罪类型的解释只限于文字说明，对于勒索财物的对象以及勒索财物的目的等都未作深入探讨，因而容易导致绑架罪与抢劫罪的区分界限的混淆、勒索型绑架罪的既遂与未遂的认定标准的混乱。例如强行劫持他人，并向其本人勒索财物的行为，到底是定抢劫罪还是绑架罪，就容易发生争执。此后，随着刑法教义学的发展，引入目的犯理论，就较为明确地解决了勒索型绑架罪的既遂与未遂的认定标准问题。而对勒索财物目的的解释，则借鉴日本刑法关于利用近亲者或者其他对被掠取者或者被诱拐者安危的忧虑者的忧虑，以使之交付财物为目的的规定，{28}67-68“将勒索财物的对象限定为绑架人以外的其他人。因此，强行劫持他人，并向其本人勒索财物的行为应定抢劫罪而非绑架罪。通过引入刑法教义，使我国刑法的应用研究水平大为提高。
基础研究是应用研究的基础，因而也是刑法理论的重点内容。在基础研究方面，重点领域是犯罪概念、犯罪构成、刑事责任、法人犯罪、共同犯罪、罪数理论、刑罚目的等专题，在我国都曾经展开过较为深入的讨论。例如在犯罪概念问题上，就有实质概念与形式概念之争，以及混合概念的提出。在犯罪构成问题上，围绕着四要件的犯罪构成体系，始终存在争论，直到最近引入德日的三阶层的犯罪论体系呼声日高，引起的争议也就越大。此外，法人犯罪问题，围绕着要不要在我国刑法中规定法人犯罪，在20世纪80年后期曾经展开过激烈的争论，最终以1997年刑法正式确立了单位犯罪制度，而使这场争论告终。从整个刑法的基础研究来看，最初是在苏俄刑法学的理论框架中展开的，后来随着基础理论的深入发展，逐渐引入德日刑法学，并在德日刑法学的话语系统中展开讨论，例如有关刑事责任的讨论就是一个极为典型的例子。最初的刑事责任概念是从苏俄引入的，是在罪—责—刑的框架内讨论的，例如张智辉的《刑事责任通论》（警官教育学院1995年版）。后来，刑事责任被纳入德日刑法学的话语体系，在三阶层的犯罪论体系中责任主义的意义上加以阐述，例如冯军的《刑事责任论》（法律出版社1996年版）[3]。
刑法教义学的发展，可以按照1997年刑法修订作为一个时间上的标志而分为前后两个阶段。在1997年刑法修订以前，我国刑法学在恢复重建20世纪50年代初期引入的苏俄刑法学的基础上，结合我国的刑事立法与刑事司进行了本土化研究，其标志性的成果是高铭暄教授主编的《刑法学原理》（三卷本，中国人民大学出版社1993、1994年版）和马克昌教授主编的《犯罪通论》（武汉大学出版社1991年版）和《刑罚通论》（武汉大学出版社1995年版）。
高铭暄教授主编的《刑法学原理》是迄今为止篇幅最大的刑法总论的论著，共三卷，计148. 7万字。该书是中国人民大学法学院刑法学科研究成果的汇集，除高铭暄教授、王作富教授领衔以外，中青年学者的研究成果也包含其中，尤其是博士论文的精华亦在其中。例如第十四章犯罪主体是赵秉志的博士论文、第十五章犯罪主观方面是姜伟的博士论文、第十六章定罪是王勇的博士论文、第二十章共同犯罪是陈兴良的博士论文、第二十一章一罪与数罪是黄京平的博士论文、第二十八、二十九、三十章关于量刑及量刑制度是周振想的博士论文。这些博士论文都对某些刑法专题作了深入研究，代表着当时刑法某一领域研究的前沿水平。以此为基础的《刑法学原理》一书在整体水平上达到了当时的最高水平，这也就不足为奇。该书的出版说明指出：
本书以马克思列宁主义、毛泽东思想为指导，全面、系统地研究和总结新中国成立以来特别是改革开放以来中国刑事法律的理论与实践，并联系古今中外进行历史和比较研究，力求深刻探讨刑法总则的各项规范、制度和刑法的基本原理。同时，高度注重面向刑事立法和司法实际，努力阐明与研究实践中的新情况、新经验和新问题，以增强刑法学研究成果的应用价值。{29}说明I
《刑法学原理》一书与统编教材《刑法学》相比，在体系上并没有太大的变化，主要是在理论深度上大为加强，因而具有代表性。只是在1997年刑法修订以后，该书未作及时修订。
马克昌教授主编的《犯罪通论》和《刑罚通论》两书，计136. 4万字，尚未包含刑法序论的内容，因此在篇幅上与《刑法学原理》相当，并在1997年刑法修订后出版了修订版。该书反映了武汉大学法学院刑法学科的理论研究水平，除马克昌教授挂帅以外，也同时包含了中青年学者的研究成果，例如熊选国、王晨、鲍遂献、贾宇、张绍谦、刘明样、莫洪宪、李希慧等，可谓人才荟萃。《犯罪通论》一书除了绪论以外，分为犯罪构成、犯罪形态和排除犯罪性行为三编。从内容上来看，犯罪构成体系没有变化，只是将排除犯罪性行为单列一篇，并置于犯罪形态论之后，不同于传统的刑法学体系。对此，作者指出：
考虑到这类行为表面上好像符合犯罪构成，实际上并不符合犯罪构成，且有利于社会，因而在研究犯罪的基本要件之后，即研究这类行为，然后再研究修正的犯罪构成等问题，在逻辑顺序上不太合适；似不如按照犯罪构成、犯罪形态、排除犯罪性行为的顺序排还不错为宜，因而将“排除犯罪性行为”作为第三编，置于犯罪形态之后。{30}55
上述调整当然是微小的，但也反映了作者的某种学术上的追求。尤其是，《犯罪通论》与《刑罚通论》两书充分地吸收了德日刑法知识，从而使其在学术上具有前沿性。例如在犯罪构成理论中，以较大篇幅介绍了德日刑法学中构成要件理论的演变历史；在危害行为中，以较大篇幅介绍了西方行为理论，包括因果行为论、目的行为论、社会行为论等；在刑罚权中，以较大篇幅介绍了西方国家关于刑罚权根据的理论；在刑罚消灭事由中，以较大篇幅介绍了前科消灭、复权等内容。以上情况表明，《犯罪通论》和《刑罚通论》两书在刑法知识的增量上作出了应有的贡献。
以1997年刑法修订为契机，我国刑法教义学的发展进入了一个新阶段。在1997年刑法颁行之际，我提出了刑法更迭与理论更新的命题，指出：
