《合伙企业法》允许的由合伙协议约定、合伙人协商决定，而可以与实缴出资比例不同的对所得、亏损以及具体各类所得的分配、分派和分担，可以综合称为特殊分派(special allocations)。特殊分派操作的可行性是合伙企业最重要的优势之一，但同时也是合伙企业税制之所以复杂的根源所在。如果所得的性质能上传至合伙人，马上就可以设计出利用合伙企业的特殊分派进行避税的各种方法。以下举两个例子。
第一个例子是，假设一位成功的企业家与某公司共同设立合伙企业，双方出资各占合伙企业资产的50%，各有权取得合伙企业收入的50%。合伙企业可能的收入由以下两部分构成：(1)收入的50％来源于销售、服务等主动经营行为以及股息；(2）另外的50％来源于租金、特许权使用费和资本利得。如果后一组为公司合伙人所取得，则要按25％的税率缴纳企业所得税；但是如果为企业家合伙人取得，则按20％的税率纳税。在前一组收入中，公司企业的股息收入免税，但个人的股息收入则需缴纳20％的所得税。主动生产经营收入分配给公司时应按25％的税率征税，但是如果分配给个人合伙人，会作为个体工商户的生产、经营所得纳税，税率会更高。于是合伙协议将全部收入作如下分派：第一组收入全部分配给企业合伙人，第二组收入全部分配给个人合伙人。如不考虑税收的因素，如此分派与两个合伙人分别简单地取得合伙企业收入的50％具有相同的经济效果。然而，与简单分派相比，特殊分派能够同时减轻两个合伙人的税负。
第二个例子是，假设某一外国投资者是中国与其所属国税收协定管辖权下的居民，协定规定股息的预提税率为10%，而资本利得的预提税率为零。该外国投资者和中国公司设立合伙企业，期待取得数额相同的股息收入和资本利得。合伙协议可以约定将全部的资本利得分派给外国投资者，并将全部的股息分派给国内的企业。对合伙人来说，这种特殊分派的税前经济后果与他们分别简单地取得合伙企业全部收入的50%是相同的，但是两方的税负却都减轻了。
中国财税部门能够应对上述所举情况的策略有若干种。其一，完全禁止具有特别税收性质的所得项目的特殊分派，从而极大地削减合伙企业分派的空间。但是这种做法与《合伙企业法》拟为国内的经济主体提供一种灵活的商业组织形式的立法精神不一致，也与国税函[2001]84号的规定不符。其二，基于明确的原则和充分的理由，不承认一些类型分派的税收效果。比如，针对以上例举的情况，借鉴美国合伙企业税法的规定（特别是美国财政部规章$1.704-1(b)(2)(iii)(b）之规定），将其判定为“转嫁税收后果”( shiftingtax consequences）的分配方式，由此认为其不具有“实质的经济效应”( substantial economic effect)。而美国合伙税法的一个基本原则是，不具有“实质的经济效应”的分配方式不承认其税收效果，而按照合伙人在合伙企业中的财产份额(partner’s interest in the partnership)？分配、确定应纳税所得额。[16]
当然，财税部门也能够借鉴新《企业所得税法》第47条的规定，主张合伙企业“实施不具有合理商业目的的安排而减少其应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。”这种“一般性反避税原则”有其合理之处：我们在下文分析利润和损失分配时会发现，在许多其他情况下，税务部门也会面临同样的挑战，即怎样才能够防范合伙企业采用各种分配方式既减低所有合伙人的税负，又不影响任何合伙人经济利益。由于事先细节规范多种潜在的避税方式较为困难，政府可采用原则性的法律规则表达立法意图。但是，没有任何具体防范措施的反避税宣言的作用是值得质疑的。
二、所得和亏损的分派
至今，中国合伙企业税制的最根本原则是合伙企业的利润归集到每个合伙人名下征收个人所得税。而根据《个人所得税法》，个人的投资或营业损失不能冲抵其投资、营业收入。例如，计算个人财产转让所得时，并不考虑财产转让亏损。根据旧《合伙企业所得税规定》，如果合伙人投资兴办两个或两个以上企业（如个体工商户、合伙企业和独资企业），那么该合伙人的生产经营所得是从这些企业获得的营业收入的总和，并就此总和适用累进税率。[17]但是，合伙人的年度亏损[18]不可以跨企业弥补，也不能冲抵合伙人的其他收入。合伙企业的亏损只可以结转，结转最长不得超过5年。[19]所以从对企业亏损的税务处理的角度，合伙企业与公司企业没有区别。
