再者，新的《企业所得税法》引进的许多税收优惠政策也涉及收入性质问题。比如，第27条允许对企业从事某些国家鼓励的行业（如农、林、牧、渔业项目，国家重点扶持的公共基础设施项目，符合条件的环境保护、节能节水项目，及符合条件的技术转让）产生的所得免征、减征企业所得税。第27条允许企业综合利用资源，生产符合国家产业政策规定的产品所取得的收入，在计算应纳税所得额时减计收入。由此产生的问题是：如果企业与他人共同设立合伙企业从事这些行业的经营，收入如何对待？由此取得的收入在分配给企业合伙人时，仍然享受税收优惠吗？[9]如果不是，企业无疑将避免使用合伙企业的形式从事这些行业的经营。这一结果使得相关立法容易被理解为政府不鼓励以合伙企业的形式从事这些行业的经营，但我们没有理由认为这是政府的初衷。
另外，按照一些在旧的企业所得税制中产生，而在新企业所得税法实施时可能保持的规则，所得的性质对企业来说也很重要。这些规则不仅仅涉及国债利息以及权益性投资收益免税：[10]国家税务总局《关于企业般权投资业务若干所得税问题的通知》（《股权投资通知》）第二节第（三）条规定，“企业…发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。”由于股权投资损失只限于抵扣股权转让所得和股权投资收益所得，企业对股权转让所得的性质也相当敏感。
当考虑中国合伙企业中新允许加入的外国合伙人的涉税业务时，所得的性质是否能从合伙企业上传至合伙人就更为重要了。这是因为在适用税收协定时必须判断所得的性质。许多税收协定中都有关于利息、股息、特许权使用费的减税规定。如果外国合伙人自合伙企业取得的全部分配所得都作为单一类型的所得（如营业利润），那么合伙企业形式就排除了利用这些优惠规定的可能。例如，如果某外国企业授予某中国企业专利使用权并向其收取特许权使用费，这种所得在使用某些税收协定时就可以低税率预提。[11]现在假设另外一种情况：同一外国企业以专利本身向中国合伙企业出资，该合伙企业转而以该专利向其他企业授予使用权、收取特许权使用费。当这些收入分配给外企合伙人时，如果不作为特许权使用费，而当作营业利润对待，此外企出资人在中国面对的税率就高多了。类似的问题将严重妨碍外国投资者使用合伙企业这一形式在中国投资、经营，使新的《合伙企业法》的一项主要革新的效果大打折扣。[12]
总而言之，在设计新的合伙企业税制时，必须考虑改变旧《合伙企业所得税规定》中的一般性规则，即合伙企业的任何所得均按照同一类型的所得纳税，而应采用国税函[2001]84号的方式允许所得的性质上传。
2．不同性质所得分配时税务处理的复杂性
然而，这样的政策很容易提供避税的机会。原因在于，根据《合伙企业法》的规定，在分派合伙企业的利润和损失时，合伙人有很大的选择空间。《合伙企业法》第33条规定，合伙企业的利润分配、亏损分担，按照合伙协议的约定办理；合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定。[13]立法对分配的唯一限制是：对任何普通合伙企业，合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。[14]而对有限合伙，只要合伙协议加以约定，有限合伙就可以将全部利润分派给某些合伙人。[15]
事实上，合伙企业的分派并不仅仅限于累计利润或累计损失：一个合伙企业完全可以将特定类型或特定来源的收入分派给特定的合伙人。例如，合伙协议可以规定，合伙企业的全部租金收入可以由某一合伙人取得。这种分派完全可以出于各种合理经营目的，如收入的发生时间和收入的可靠性。现行的税制对此也是认可的。国税函[2001]84号规定，以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按旧《合伙企业所得税规定》第五条的精神—即按合伙协议约定的分配比例—确定各个投资者的利息、股息、红利所得。也就是说，合伙协议约定完全可以针对某类收入专门约定分配比例。
