最后，合伙企业经营活动产生的亏损还包括折旧扣除和摊销扣除。这类扣除的分派在税法上相对繁琐，尤其是因为融资购买可折旧或摊销的资产的情况。下面举例说明：A和B各出资10万元，设立合伙企业。该合伙企业购买了100万的资产（其中20万是A和B的出资，80万是借款，5年内还清）。购买的资产5年内折旧完毕。合伙企业成立后的2年内，生产经营收入被不包括折旧的生产经营亏损完全冲抵。也就是说，前2年内，合伙企业每年都有20万的（由于折旧造成的）净亏损能分派给合伙人（2年总计40万）。这会令人置疑，为什么A和B仅出资20万元，却能在2年内被认为共同亏损40万元？
这个问题的答案很简单：如果合伙企业未来的盈利不够偿还借债，那么A和B必须对该债务负清偿责任。因此，不妨把合伙企业的借债（80万元）视为A和B的借债，而且把A和B视为以该借债向合伙企业追加投资，这样就可以理解例子中第2年A和B如何承受了20万的亏损，第2年的折旧扣除分派也就自然而然了。实施这种思路的一种可行的做法是把借债计入合伙人权益的计税基础（也称“外在计税基础”，“outside basis")，与合伙企业所有财产的计税基础即“内在计税基础”（“inside basis”）相对应。这里要注意，外在计税基础并不等同于合伙人的出资额。税务机关可以通过审查合伙人的外在计税基础，决定是否允许合伙企业向其合伙人分派亏损或扣除；比如可以规定，可分派的亏损不得超过外在计税基础。
问题是，在现行中国企业会计制度中，没有一个与合伙人权益计税基础相对应的概念。而且，将合伙企业的借款和其他债务向合伙人分派本身就不易处理，如果还存在有限合伙人和无追索权债务（non-recoursedebt)，情况就更加复杂。[25]相比之下，美国《国内收入法典》第752条对此作出了规定，尽管表述晦涩难懂，但也毕竟有法可依。中国财税部门是否能对这一类问题做出法律指引，暂时还不可预测。
总的来说，合伙企业亏损的当期分派制度，必须有详尽的法律法规和会计准则作为保障，才能确保恰当的税务效果。显然，中国财税部门目前尚不具备建立这种制度的配套条件。依照笔者的观点，新的合伙企业所得税规定应该不允许当期亏损分派，上述三方面的技术问题可以推迟到将来再作考虑。如果仅对所得项目允许特殊分派，税务部门无需细致审查合伙企业的出资账目，就可有效遏制分派的滥用，因此出资账目的置备规则就不会是当务之急。其他问题，如负债的分派、消极活动亏损的税务处理，也可以在征管实践中不断完善。
三、合伙企业所得税制的适用范围
如本文引言所述，新的《合伙企业法》把如何对其管辖的合伙企业征所得税的问题，委派给“国家有关税收规定”解决。但国家财税部门确立新的合伙企业所得税制时，必须考虑到一点，即不是所有的合伙企业都是根据《合伙企业法》登记设立的。旧《合伙企业所得税规定》对这一点表现出了充足的认识，在其第2条对合伙企业定义时，把依照《私营企业暂行条例》登记成立的合伙性质私营企业、依照《律师法》登记成立的合伙制律师事务所以及依照法律法规批准成立的负无限责任和无限连带责任的其他个人合伙性质的机构或组织都纳入合伙企业所得税制管辖范围。换言之，一个特定企业是否在税法意义上讲是一个合伙企业，取决于它是否具有合伙性质，而不是它成立依据的组织法。而企业的投资者是否负无限责任和无限连带责任是判定一个企业是否具有合伙性质的重要标准。
这一标准与民法中的一些原则是相应的。早在1998年，最高人民法院《关于贯彻执行＜中华人民共和国民法通则＞若干问题的意见（试行）》就有规定，“个人合伙或者个体工商户，虽经工商行政管理部门错误地登记为集体所有制的企业，但实际为个人合伙或者个体工商户的，应当按个人合伙或者个体工商户对待。”此规定的意义在于，某企业是否实质为合伙企业，可由法院根据《民法通则》第二章第五节关于个人合伙的条款判定。九十年代的“假集体”现象常使这条规定得以运用。此类案例说明，按不同的成文组织法设立的企业，在是否具有合伙性质这一方面可能有同一性，因此在相关问题上（如投资者民事责任）应适用同一的法律。本文引言谈到的《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》中关于中外合作经营企业的规定，也体现了同样的精神：外商投资企业的设立虽然依据的是与内企截然不同的组织法，但它是否具有法人资格仍然是决定该企业如何纳税的关键因素。
