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股份回购所得税规则之间的冲突应如何协调，目前尚无具体的政策指引。以税法原理而论，公司发行股份或者回购股份都属于资本性交易，并非经营性活动。它引起的是公司股东权益的变化，与经营收支不同，故不宜作为损益课税。各国公司所得税实务中通常也都区别资本性交易与经营性交易，不允许公司将回购与发行的价差确认为损失。 以此来看，国家税务总局2003年发布的两个规范性文件中采纳的规则更合理一些。从纳税人的利益考虑，不确认损益规则的效果也是中性的。证券市场中回购价格高于或低于发行价格的情形都可能发生。允许将回购价格与发行价格之间的差额确认为损失，固然能够降低自己的应税所得与税负水平，但当回购价格低于发行价时，纳税人将不得不确认回购中的收益，从而导致应税所得的增加。因此，将回购交易作为资本交易处理，从总体上说对纳税人税负水平的影响是中性的。
与此相关的另一个问题是，不确认损益的税法规则直接针对的是因合并、减资而回购之情形，是否可以适用于以股抵债交易？笔者以为，从理论上说，不确认损益规则尽管出台时有自己特定的适用对象，但其规定符合税法原理与各国实务，体现的是回购交易的一般税务处理原则，应当可以适用于以股抵债中的股份回购。当然，为便利以股抵债交易的进行，国家税务总局应当尽快做出解释，确立回购税务处理的一般原则，消除不同规范性文件之间的冲突。
基于上述分析，笔者以为，电广传媒以公允价值接受大股东持有的原始股抵债，应适用《国家税务总局关于执行<企业会计制度>需要明确的有关所得税问题的通知》与《财政部、国家税务总局关于执行<企业会计制度>和相关会计准则有关问题解答(三)的通知》，股份回购价与发行价的差额属于股东权益的减少，不确认债务重组损失。
五、电广传媒以股抵债交易当事人纳税义务的确定
至此，上文对股权转让以及股权回购所得税规则的选择和适用，得出的初步结论已经对电广传媒以股抵债交易明显不利：
一方面，债务人产业中心需要确认重组收益，该收益源于以公允价值转让股份实现的资本利得，应当按照《2000股权通知》确认为债务重组所得, 并入企业的应纳税所得依法缴纳企业所得税。另一方面，债权人电广传媒接受自己的股份偿债，适用公司因减资而回购股份的税法规则，即使回购价格高于发行价格，电广传媒也不能确认债务重组损失从而降低自己的税负以及整个交易的税务成本。
为了获得电广传媒以股抵债交易总体税务成本的准确认识，这里依照《2000股权通知》对产业中心的应税所得计算如下：
企业股权转让所得 = 企业转让股权的收入 - 股权投资成本
产业中心的股份转让收入比较清楚。按照以股抵债实施方案，产业中心应偿还的债务本息合计额为5.39亿元，共动用7542万股抵债，因此，产业中心转让该批股份的收入为5.39亿元。
但是，抵债股份的投资成本就比较复杂了。产业中心1997年以净资产1.37亿元出资设立电广传媒，折为1亿股 ，每股投资成本为1.37元。电广传媒上市后进行了两次资本公积转增和数次分红派现，产业中心的股份增至1.69亿股。在市场人士关于股份定价公平性的争论中，上述分红派现与转增都用来摊薄产业中心的持股成本，其最终的持股成本仅为0.27元/股。 但是，依照《2000股权通知》，只要被投资企业会计帐务上实际做利润分配处理(包括以盈余公积和未分配利润转增资本)，投资方企业都应确认投资所得，而不调整持股成本。因此，电广传媒上述分配行为中，只有两次资本公积转增可以用来摊薄产业中心所持股份的投资成本，由此得到摊薄后的持股成本为0.81元/股（=1.37/1.69）。这样，产业中心用于抵债的7542万股，合计投资成本为6114万元（=7542万 x 0.81）
此外，产业中心的股份转让还需要承担流转税环节的印花税纳税义务，这部分税负可以在计算转让所得时扣除。我国股份转让适用的印花税率经常调整， 2004年中实行的印花税率为0.2%，因此，产业中心需要承担的印花税约为108万元（= 5.39亿 x 0.2%）或0.01亿元。
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