另外，自“初税亩”以下，唐代的租庸调、26两税法，27明代的一条鞭法，28直至清代的地丁合一、摊丁入亩，29其间尽管交织着按人头、按成年男子抑或按拥有的土地面积征派正税或徭役的问题，大体的趋势却始终没有离开按田亩面积征收。而《
农业税条例》规定的农业税计税依据则不在土地面积而是纳税人的农业收入（第
3条）。该项收入是根据土地的自然条件和当地的一般经营情况，按照正常年景评定的产量计算出来的（第7、6条）。由于计税依据受制于单位面积产量和土地面积两个因素，因此，一旦出现自然灾害或耕地面积减少（如被征用）等情况，税收征管部门就不得不重新核定纳税人的产量、定期丈量耕地。30这些无疑都增加了农业税的征收成本。31
通过废止《
农业税条例》，可以把上述问题一次性地消除，可谓“一石数鸟”。
三、取消农业税之后的新问题
但是也必须看到，随着农业税的取消，一些新问题也随之产生了。原本被农业税遮掩的问题也暴露出来。其中最突出的是如何设置地方税的主体税种，以及如何防止新的乱收费现象发生。
以前，工商税、农业税和乡统筹32构成了乡镇财政的主要收入来源。同时，地方也得以借收税之机进行各种乱收费。农业税取消前，农林特产税、屠宰税、农业税和后来的“农业税附加”一共加起来有700亿元左右。基层政府在征收农业税的时候往往“搭车收费”，有专家估计这部分有两三千亿之多。33取消农业税无疑有助于遏制农村中搭车乱收费现象，减轻农民负担。34
这不禁使人联想到现代史学家所说的“黄宗羲定律”。围绕着田赋和其他杂派，历史上的许多轮税制改革都有一个特点，即每一次都把以往的杂派并入正税，而后又逐渐增添新的杂派，长此以往，陈陈相因。黄宗羲将其概括为“积累莫返之害”。
两税法=租庸调+杂派
王安石免役钱法=两税法+杂派=租庸调+杂派+杂派
一条鞭法=王安石税法+杂派=两税法+杂派+杂派=租庸调+杂派+杂派+杂派
倪元璐税法=一条鞭法+杂派=王安石税法+杂派+杂派=两税法+杂派+杂派+杂派=租庸调+杂派+杂派+杂派+杂派
地丁合一=……=租庸调+杂派+杂派+杂派+杂派+杂派
如果用a表示原始税额，x表示杂派，n表示改制次数，则上述定律可以进一步概括为：经过n次改制之后的新税额bn=a+nx。35
由历代田赋变革中可以得到的一个基本经验教训就是，绝不能再把杂税纳入正税之中。从这个意义上说，全国人大常委会废止农业税，有助于从根本上消除把杂税纳入正税的历史沉疴。36但随着农业税的取消，县乡（尤其是经济欠发达和以农业为主要产业的地区）财政也因此失去了几乎70%的总收入，而有陷入困境之虞。据张晓山先生介绍，取消农业税后，在农业税占财政收入较大的地区，其总体财政收入中上级补助部分所占比重不断上升，尤其是县级财政已成为名副其实的要饭财政。有的县上级财政补助收入2003年占84%，2004年占90%，2005年占95.9%。37广东省税改办的资料也显示，税费改革后，镇、村财政收支缺口为38.53亿元，除省财政转移支付和地级市补助专项资金，尚有15亿元需要镇财政自行消化，珠三角的镇多数完全要由自己负责。38一些地方不得不靠增加地方非税收入（主要包括行政性的罚没收入，如超生子女罚款或称“征收社会抚养费”）来弥补收入缺口。39黄仁宇在分析了明代的财政税制后曾指出：“因为税率普遍低下，货币匮乏，这些诸多情况合在一起可能会为各个层次、各种规模的农业剥削提供了便利条件。”40因此，即便取消了正税，如果地方财政没有正当的收入保障，就不能从根本上杜绝乱收费现象的发生，就不能有效缓解农民的负担；如果不从整体上提升农民的收入水平，取消农业税的初衷也不能实现。41
