关于前两个条约的重要影响，前面已分别做出某些分析。总体而言，1992年的《马斯特里赫特条约》通过创立第三支柱，将成员国的刑事合作纳入到欧盟范围内，使欧盟开始对刑事合作施加影响。然而，这种做法的代价是，成员国必须在欧盟理事会达成全体一致后才可以通过相关法律。
当时，要想在欧盟15国内部达成全体一致难度很大，往往需要经过长期的协商，而一旦其中的某一个成员国表示反对，整个决策过程将无果而终。即使法律在经过长期的协商后最终得以通过，也成为多方讨价还价的妥协，导致部分条款令人费解、包括诸多适用的例外、以及相互参照等技术上的勉强处理。这些不足都是“政府间”合作的实质体现，以换取欧盟在立法过程中对成员国施加有限影响，进而暂时达到一种机制上的平衡。
随着欧盟一体化的进一步发展，代表较为先进合作模式的申根机制被纳入欧盟，《马斯特里赫特条约》中的平衡机制被打破。但是，考虑到成员国当时的适应程度有限，1997年的《阿姆斯特丹条约》仍然保留了三支柱的结构，同时开始实施比传统公约更具灵活性的“框架决定”。框架决定保证了欧盟立法最终能被成员国接受，而成员国还可以根据本国情况选择各自的转化模式。于是，在建设“自由、安全与司法的区域”的初期，欧盟与成员国的利益在刑事合作问题上再次达到暂时的平衡。
然而，随着欧盟一体化的迅速发展，第三支柱的协调机制本身限制了框架决定的效力，导致立法上的“民主赤字”以及执行不畅等诸多弊端。为了解决这些难题，2007年的《里斯本条约》彻底将第三支柱纳入第一支柱，在欧盟超国家平台上运行。但是，这意味着成员国主权在很大程度上受到“侵蚀”。
为了打消27个成员国的疑虑，《里斯本条约》为此特别设置了“紧急刹车”条款，规定某个或某些成员国可以紧急阻止适用关乎其切身利益的敏感立法，而其它成员国仍旧可以适用该项立法。对于英国以及爱尔兰这两个普通法系国家，《里斯本条约》为它们保留了原来在《阿姆斯特丹条约》中规定的“选择退出或加入”的机制。于是，欧盟与成员国的利益在刑事合作问题上第三次达到平衡。
总之，欧盟区域刑事合作的进程表明，随着欧盟一体化的发展，成员国的刑事合作逐步被纳入到欧盟的运作框架中。欧盟与成员国在该领域中经历了两次短暂的“动态平衡”后，在2007年的《里斯本条约》中又形成了一次新的平衡。在从1957年到2007年的50年里，欧盟区域范围内的刑事合作从无到有，范围从小到大，最终形成了欧盟这个“超国家”实体掌控的27国的刑事合作局面。
