造成这种局面的关键原因在于，欧盟框架决定在第三支柱中的立法缺乏足够的透明度、不民主以及缺少监督。为了解决框架决定甚至是欧盟第三支柱的这些缺陷，许多学者建议应该完善立法程序，将欧盟条约标题6中关于第三支柱的规定完全纳入第一支柱，尽管这意味着成员国的主权将受到欧盟的进一步侵蚀。[3]
二、欧洲法院的重要判决
与第三支柱向第一支柱的转化相关，欧盟以及成员国曾一直在第一支柱与第三支柱各自“势力范围”的划分问题上存在分歧，而欧洲法院2005年的一个判决对此做出了初步的回答。欧盟条约第34条赋予欧盟委员会在刑事合作领域提出立法动议的权力。第31条第5款又将这些立法动议细化为有组织犯罪、恐怖主义以及贩运毒品等犯罪的法律的相互接近。第47条规定，当第一支柱与第三支柱领域发生冲突时，第一支柱优先于第三支柱。
然而，欧盟及其成员国对第47条的解读形成了两种截然相反的观点。大多数成员国认为，欧盟委员会在刑事法方面的权力仅限于提出动议，并不包括决定是否适用该动议的权力，后一项权力理所当然地归属于成员国。少数成员国以及欧盟委员会则认为，在刑事制裁成为保护欧共体核心利益的唯一手段的情况下，欧盟条约第47条实际上赋予了欧盟委员会决策权，进而迫使成员国将某种行为犯罪化。
多年来，代表欧共体利益的欧盟委员会与体现成员国利益的欧盟理事会在实践中达成一项不稳定的妥协：对于第31条第5项所规定的内容，欧盟委员会在其权力范围内可以通过决定，而欧盟理事会同时也可以在其所认为的权力范围内适用决定。欧洲法院2005年9月13日的判决宣告了这种妥协状态的结束。
2002年12月19日，欧盟理事会通过了一个用刑法保护欧盟环境利益的框架决定。但是，欧盟委员会认为理事会无权通过这样的决定，因为环境问题显然在第一支柱范围内，欧盟委员会对此独自拥有提出动议权，并与欧盟理事会和欧盟议会共同行使决策权。欧盟理事会中的成员国一致认为，即使刑事法涉及到了第一支柱的领域也应当是在第三支柱的范围内，欧盟理事会独自对此拥有决策权。在欧盟理事会通过这个决定后，欧盟委员会将这个问题提交给欧洲法院。
欧洲法院在关于此案的第C-176/03号判决中指出，在某些情况下，通过刑法保护欧盟环境利益的决定，能够并且应当在第一支柱范围内做出。然而，欧洲法院在此案中仅就环境问题的刑法规制问题予以裁判，并未涉及到欧盟委员会与欧盟理事会所关注的有关权力范围争议的其它广阔领域。因此，欧洲法院未来做出的涉及到其它领域的相关判决会逐步对该问题予以解答。[4]
