风险预防原则要求决策者在相应的证据、信息不充分或者难以解释的情况下采取行动。由于不需要充分的证据表明危害确定会发生，这样的原则相当于授权行政机关根据自己的专业知识自行判断是否存在需要预防的风险。在实践中，有关学说和判例也引入了判断余地和举证责任转移的理论，来放宽对行政机关采取预防措施的限制：
首先，行政机关在采取预防措施前，应当判断是否存在需要预防的风险。但是，无论是“严重的或者不可逆转损害的威胁”还是“威胁”，都是不确定的法律概念。[57]相应的判断既涉及对未来的预测，又涉及专业知识运用，法院往往放弃监控，导致风险判断成为行政机关的“判断余地”[58]。在大量案件中，尽管行政机关对风险的判断缺乏充分的证据支持，法院仍然保持了尊重。例如，德国联邦行政法院就在1985年的Whyl案件中认定，《原子能法》第7条第3项第2款规定行政机关依照学术与科技的现状采取防护措施，此一风险调查评价是行政机关的判断余地。因为如何适当的斟酌、衡量各种科学知识和争论，并进而调查、评价是行政机关的责任，无论是人员、技术、资源等各种配置，行政机关都优于立法和司法机关。法院不可对行政之风险调查、风险评价认为有瑕疵而企图自己调查证据来加以取代。[59]判断余地理论近年来在德国已经日渐式微，[60]法院在风险预防领域重新使用该理论可以说有不得已的苦衷：风险的判断异常复杂，高度的未知、动态与专业常常使决策是通过细致的程序规定作出，面对这样的专业判断，法院的确难以进行充分的审查。[61]但是，无可否认，判断余地所赋予行政机关的巨大权力容易也容易被滥用。
其次，行政机关一旦判断风险存在——这样的判断很少受到仔细的审查——根据有关风险预防原则的要求，举证责任转移到反对采取预防措施的一方，如果他不能证明相关活动是安全的，行政机关即可以采取措施进行规制。这样的举证责任规则会引发一系列的问题：
其一，风险预防下的举证责任转移也就意味着不是由试图规制特定活动的行政机关来证明潜在的危险，而是由希望开展活动的人来证明该活动的安全。由于行政机关对风险的认定享有判断余地，反对干预者如果仅仅提出与行政机关相反的证据是不够的，他们必须要让裁判者相信，有关风险存在的证据是完全站不住脚的。这样的证明往往是不可能的任务：理论上，证明某项活动是安全的必须对未来全部可能发生的情况做出预测，并在此基础上进行推理，这已经超出了人类的认知能力，任何人都不可能就一项活动对未来的全部影响做出确定的判断。[62]
其二，举证责任概念本身能否适用于风险预防是值得疑问的。传统的举证责任适用于对已经发生的事实进行建构，而在风险预防领域，所谓的事实是对未来的预测。在这样的领域，所谓的举证责任无论分配给谁，从方法论而言，他都很难承担。[63]
其三，将举证责任转移到反对干预者也是对行政机关工作性质的误解。行政机关的活动是从属于法律的，它必须在事实情况满足适用相应法律的条件时，才能发动国家权力进行干预。因此，行政机关的活动必须有事实依据，先取证后决定是一个不宜轻易改变的法则。而举证责任的转移，导致行政机关的活动可以不建立在充分的事实基础上，法律也就无法对其形成有效的制约。而且，风险最核心的问题是不确定性，风险的最终化解也要求决策者持续深入地研究，缩小不确定性的范围。但是，举证责任的转移使得行政机关可以用风险预防原则作为其托辞，从而影响了继续深入研究、衡量的积极性。[64]
（二）风险预防原则与比例原则的冲突
法治国家要求规制措施和目标之间具有一种实质性的正当联系，即符合比例原则的三项要求：（1）妥当性，所采取的措施可以实现所追求的目的；（2）必要性，除采取的措施之外，没有其他给关系人或者公众造成更少损害的适当措施；（3）相称性，采取的必要措施与其追求的结果之间并非不成比例。[65]这样的要求同样适用于政府干预风险的活动，例如，《欧盟委员会关于风险预防原则的通讯》要求“设想的措施必须能够实现适当水平的保护。基于风险预防原则的措施不能与所意图达到的保护水平不成比例，也不能以很少能够达到的完全排除风险为目标”[66]。但是，风险预防原则要求在没有结论性证据的情况下，就采取措施来预防风险的发生，这必然导致措施与目的之间的实质性关系难以证成，从而给比例原则的适用带来了很大的挑战。
1、不确定性与比例原则适用的困难
比例原则要求决策者在管理目标和管理手段之间进行妥善的衡量。在衡量过程中，决策者首先需要对相应的证据进行分析，判断事实是什么，例如，是否有紧迫的危害即将发生，危害的规模多大，并在此基础上进行决策，选择相应的防卫手段。司法机关也能够通过对证据事实解释分析，借助比例原则对决策的合法性进行判断。但是，如果事实本身存在大量不确定性，而政府又必须在这种不确定性下开展活动，法院适用比例原则对行政决定进行审查的功能便会受到了很大的限制。特别是一旦承认行政机关对风险的性质、规模有判断余地，法院将无法仔细衡量具体案件的事实情况与规制措施之间的实质性联系，也难以深入讨论规制措施是否符合比例原则的要求。因此，大量不确定性的存在，导致关于风险程度、规制措施效果、规制措施成本等方面信息的匮乏，比例原则的适用缺乏坚实的事实基础，法院也难以进行充分的衡量。
2、妥当性的问题——风险预防原则能否在整体上消减风险
风险预防的目的在于有效消减风险。但是，基于特定风险采取的预防措施往往忽略了预防本身可能造成的其他风险，从而可能无法在整体上消减风险，也因而无法满足比例原则的妥当性要求。具体来说，风险预防措施引发的风险可能源自三个方面：产生替代性的风险；阻止了承担风险可能带来的潜在收益；风险预防措施本身存在风险：[67]
其一，风险预防可能引发替代性的风险。行政机关如果认识到特定的物质、产品或者活动具有风险，并基于风险预防原则对其进行限制甚至禁止。那么，受影响的个体可能会转而使用其他同样具有风险的物质、产品或者进行其他有风险的活动。这样，对某一方面风险的预防可能引发其他方面风险的上升。例如，核能的和平利用存在大量的风险，可能引发严格的规制，[68]从而阻碍核能的利用或者使核能利用的成本显著上升，导致消费者转而依赖其他的能源，例如煤炭。但煤炭同样会带来相应的风险，如严重的污染和开采的安全事故。再例如，为了保护患者生命健康而进行的药品生产、研发的规制，可能导致药品开发的缓慢，从而影响预防“非典”、“禽流感”等公共卫生事件。[69]从风险预防原则的实际使用来看，其预防的往往是新出现的风险，从而促使消费者依赖同样有风险的旧产品。这阻碍了新技术的运用，却没有在总体上消减社会风险。
