加班工资

我们公司的工资分为两大类：基本工资和各种补贴。基本工资含技能工资，工龄工资等。各种补贴含管理岗位补贴，交通补贴，食费补贴，地域补贴等。在合同里也明确上述的工资类别和标准的。每个月发工资时都是按照基本工资和各种补贴的合计进行发放的，但是计算加班工资时，公司是以基本工资为基准进行加班工资计算的。请问：1，公司这种计算方法是否正确？如果不正确，是否可以向公司提出要求纠正？要求补发加班工资的时效为多长？2，如果公司的计算方法不正确，是否可以以其公司内部的规章制度违反法律、法规的规定，损害员工权益为由，提出解除劳动合同并要求经济补偿和补发加班工资？经济补偿是从本合同签订年度开始还是从进入公司年度开始？另外，与公司就此交涉是否为必要的前置条件才能获得经济补偿？谢谢解答。