给员工加薪却成被告还仲裁败诉

员工公司任职一年多。工作表现一般，无积极性，其在公司的人际关系也非常紧张。他工资1200。同一岗位有2人，后来一人离职，此岗位的工作经过调整后不需要2个人，事实证明即使只有他一人，其工作也不完全饱和，但公司还是给他特殊补贴每月200元。这样他的工资实际是1400元。下半年公司加薪。他的薪水从1400元加到1500元。当月的工资条也做了调整，把他1200元的工资+200元特殊补贴，另外加了100元薪水总共是1500元，作为基本工资放在一起。可该员工在工作期间表现不好被经理批评了后，他主动辞职，也把公司告了。原因是扣发他200补贴，要求支付离职补偿。公司很疑惑：1。工资总额到底是怎么回事？不是包括补贴的吗？2。调整工资条是有公文的，当时该员工并未提出异议？3。如此主动提出辞职我们还要赔偿？