主管税务机关，应根据非营利组织报送的纳税申报表及有关资料进行审查，当年符合《
企业所得税法》及其《实施条例》和有关规定免税条件的收入，免予征收企业所得税；当年不符合免税条件的收入，照章征收企业所得税。主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现非营利组织不再具备本通知规定的免税条件的，应及时报告核准该非营利组织免税资格的财政、税务部门，由其进行复核。
核准非营利组织免税资格的财政、税务部门根据本通知规定的管理权限，对非营利组织的免税优惠资格进行复核，复核不合格的，取消其享受免税优惠的资格。
6、已认定的享受免税优惠政策的非营利组织有下述情况之一的，应取消其资格：
（1）事业单位、社会团体、基金会及民办非企业单位逾期未参加年检或年度检查结论为“不合格”的；
（2）在申请认定过程中提供虚假信息的；
（3）有逃避缴纳税款或帮助他人逃避缴纳税款行为的；
（4）通过关联交易或非关联交易和服务活动，变相转移、隐匿、分配该组织财产的；
（5）因违反
《税收征管法》及其
《实施细则》而受到税务机关处罚的；
（6）受到登记管理机关处罚的。
因上述第（一）项规定的情形被取消免税优惠资格的非营利组织，财政、税务部门在一年内不再受理该组织的认定申请；因上述规定的除第（一）项以外的其他情形被取消免税优惠资格的非营利组织，财政、税务部门在五年内不再受理该组织的认定申请。
三、关于个人所得税
对省级人民政府、国务院各部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁布的教育方面的奖金，免征个人所得税。
四、关于房产税、城镇土地使用税、印花税
对企业、事业单位和个人自办的学校、幼儿园、托儿所使用的房产和土地免征房产税和城镇土地使用税；对财产所有人将财产赠给学校所立的书据，免征印花税。
自2009年8月起，对经教育部门批准，从事全日制学历教育的民办学校自用的房产和土地免征房产税和城镇土地使用税。
