根据事故处置需要，指挥部可下设若干工作组。各工作组在指挥部统一指挥下开展工作，并随时向指挥部办公室报告工作进展情况。
（1）事故调查组
由市卫生局牵头，会同市公安局、市监察局及相关监管部门和行业主管部门负责调查事故发生原因，评估事故影响，尽快查明致病原因，作出调查结论，提出事故防范意见；对涉嫌犯罪的，由市公安局负责督促、指导涉案地公安机关立案侦办，查清事实，依法追究刑事责任；对监管部门及其他工作人员失职、渎职等行为进行调查。根据实际需要，事故调查组可以设置在事故发生地或派出部分人员赴现场开展事故调查（简称前方工作组）。
（2）危害控制组
由事故发生环节的具体监管职能部门牵头，会同相关监管部门监督、指导事故发生地政府职能部门召回、下架、封存有关食品、原料、食品添加剂及食品相关产品，严格控制流通渠道，防止危害蔓延扩大。
（3）医疗救治组
由市卫生局负责，结合事故调查组的调查情况，制定最佳救治方案，指导事故发生地卫生部门对健康受到危害的人员进行医疗救治。
（4）检测评估组
由市卫生局（市食品安全办）牵头，会同有关监管部门和行业主管部门组成检测评估组，提出检测方案和要求，组织实施相关检测，综合分析各方检测数据，查找事故原因和评估事故发展趋势，预测事故后果，为制定现场抢救方案和采取控制措施提供参考。检测评估结果要及时报告指挥部办公室。
（5）维护稳定组
由市公安局牵头，指导事故发生地公安机关加强治安管理，积极化解因事故造成的矛盾纠纷，维护社会稳定。
（6）新闻宣传组
由市委宣传部牵头，会同市卫生局等部门组织事故处置宣传报道和舆论引导，并配合相关部门做好信息发布工作。
（7）专家组
指挥部从本溪市食品安全风险评估专家委员会（详见本卫发〔2011〕358号文件）中抽取有关方面专家组成食品安全应急处置专家组，负责对事故进行分析评估，为应急响应的调整和解除以及应急处置工作提供决策建议，必要时参与应急处置。
如事故涉及国外或港澳台，成立涉外组或港澳台组，由市外事办、市台办协调处理相关事宜；如事故涉及较大范围经济赔偿问题，可单设民事赔偿组，负责指导事故发生地做好相关善后工作。
2.7 应急处置专业技术机构
医疗、疾病预防控制以及各食品安全监管部门的食品安全相关技术机构作为食品安全事故应急处置专业技术机构，应当在指挥部组织领导下开展应急处置相关工作。
3．监测预警、报告与评估
3.1 监测预警
建立畅通的信息收集和通告体系，各职能部门在职责范围内，有计划开展工作，将信息报指挥部办公室，及时研究分析食品安全形势，建立食品安全事故信息报告网络，对食品安全事故做到早发现、早预防、早整治、早解决。设立全市统一举报电话。各监管部门负责开展食品安全事故的日常监测工作。各级食品安全综合协调部门要加强对信息收集和通报工作的管理和监督，保证收集的信息质量，实现信息共享。各监管部门应当按照各自职责，加强对重点品种、重点环节、重点场所，尤其是高风险食品种植、养殖、生产、加工、包装、贮藏、运输、经营、消费等环节的食品安全日常监管；建立健全食品安全信息数据库和信息报告系统，按照食品安全事故的发生、发展规律和特点，及时分析对公众健康的危害程度、可能的发展趋势，及时作出预警，依次用红色、橙色、黄色、蓝色表示特别重大（I级）、重大（Ⅱ级）、较大（Ⅲ级）和一般（Ⅳ级）四个预警级别。
