第四条 县财政局负责资金管理，会同县环保局审定、下达资金项目计划；负责下达资金预算指标，办理资金拨付手续；监督检查项目资金使用情况，审核项目绩效目标及自评结果。
第五条 县环保局负责项目管理，会同县财政局审定、下达资金项目计划，对项目实施进展情况进行监督检查，组织实施项目绩效评价。
第六条 项目的申报与管理
1、生态功能区转移支付资金的分配实行项目申报制。生态功能区各相关建设主管部门，必须按照生态功能区建设要求，制订项目的年度实施计划，按照实施计划组织申报项目。
2、项目申报程序。各相关建设主管部门年初向县领导小组办公室（财政局）统一申报，申报的项目必须符合生态功能区转移支付资金的使用范围。县领导小组办公室（财政局）会同环保局对上报的项目计划审核后，报县领导小组审查同意后，列入年度实施计划，同时报省、市环保和财政部门备案。项目由申报项目建设主管部门负责组织实施。
3、项目建设原则上必须严格按照有关要求实行工程招投标制、政府集中采购制、财政资金评审制、项目法人负责制、工程合同制、工程监理制、质量保证金制度等。
第七条 资金的拨付与管理
1、县财政局、环保局根据审定后的项目实施计划和方案，编制生态功能区转移支付资金补助计划，列入年度预算。
2、县财政局、环保局根据审定后的项目实施计划，审核资金使用计划，确定项目资金支付方式，将项目支出预算指标下达到项目建设主管部门，并根据项目实施进度拨付项目资金。在资金拨付上严格落实国库集中支付制度、政府采购制度、资金专户管理制度、资金报账制度和监督检查等资金管理制度，切实提高资金使用的规范性、安全性和有效性。
3、项目建设单位根据项目计划和项目实施进度提出用款计划，由主管部门、环保局、县领导小组办公室（财政局）审核签字后，报县领导小组组长审批后，由财政局拨付资金。
4、项目竣工后，由项目建设单位向项目主管部门和环保局、县领导小组办公室（财政局）提出竣工验收申请，由项目主管部门会同环保局、县领导小组办公室（财政局）组织相关成员单位，对项目建设情况进行验收，对验收合格的须出具竣工验收报告。项目建设单位凭项目竣工验收报告提出拨款申请，经项目主管部门和环保局、县领导小组办公室（财政局）审核签字后，报县领导小组组长审批后拨付资金；对验收不合格的工程项目，项目建设单位要限期整改，经再次验收合格后方可申请拨款。
