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（一）税款的计算和分摊
一致公司应按增值税规定计算应纳税额后，根据公司总部和各直营连锁店的销售额对当月实现的增值税进行分摊，如统一核算的增值税当月应纳税额为负数（即有留抵税额）的，则不再计算分配，留待下期抵扣。
公司总部和各直营连锁店应分摊的增值税按以下公式计算：
各直营连锁店（含本部，下同）应分摊的增值税＝公司统一核算的当月应交增值税总额×[各直营连锁店当月实现的应税销售额（不含纳税检查调整的销售额）÷公司当月实现的汇总应税销售额（不含纳税检查调整的销售额）]
（二）纳税申报
1.与公司总部同在一市（县、区）的直营连锁店，可由公司总部汇总统一向所在市（县、区）国家税务局办理纳税申报；在同一市（县、区）有多家直营连锁店的，经所在地市（县、区）国家税务局批准，可确定由其中一家直营连锁店汇总办理所在地全部直营连锁店的纳税申报。
公司总部应于每月10日前根据增值税有关规定计算公司上月的全部销项税额、进项税额和应纳税额，汇总编制《增值税纳税申报表（汇总表）》（在右上角加注“汇总”字样，不作为总部正式《增值税纳税申报表》。全部栏次按公司实际发生的汇总数填写）作为计算应纳税额的依据，同时编制《广西一致药店连锁有限公司应缴增值税分配表》（见附件2，以下简称《分配表》），一并报送主管国税机关。主管国税机关对《分配表》进行审核后签署“本表中汇总应税销售额，汇总应纳增值税额与《增值税纳税申报表》（汇总表）一致”的意见后盖章，将《分配表》（除留一份存档外）退回一致公司，由一致公司传递给各直营连锁店，报送所在地主管国税机关，用于税务监管和税务会计核算、办理纳税申报。
公司总部办理纳税申报时，应填报本部的《增值税纳税申报表》（在右上角加注“本部”字样），同时附报各直营连锁店上月《增值税纳税申报表》（复印件）、增值税完税凭证（复印件）。
公司总部的《增值税纳税申报表》（本部）按下列规定填写：
（1）第1栏“（一）按适用税率征税货物及劳务销售额”、第2栏“应税货物销售额”、第3栏“应税劳务销售额”，分别填写公司汇总本期实际发生的应税货物和应税劳务的不含税销售额合计数。包括在财务上不作销售但按税法规定应缴纳增值税的视同销售货物和价外费用销售额，税务、财政、审计部门检查按适用税率计算就地补征税款的销售额。第4栏“纳税检查调整的销售额”，填写公司总部和各直营连锁店本期因税务、财政、审计部门检查、并按适用税率计算调整的应税货物和劳务的销售额。第11栏“销项税额”等于公司本期应税销售额按适用税率计征的销项税额减去所属直营连锁店（由公司总部汇总办理纳税申报的除外）分摊缴纳的增值税额。第12栏“进项税额”填写公司本期申报抵扣的进项税额。第28栏“分次预缴税款”填零。其它栏次按正常情况填写。
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