环保部门负责会同农业、国土资源部门加强对基本农田环境污染的监测和评价；及时制止城市垃圾和企业“三废”对基本农田的污染行为。
监察部门负责对违反基本农田保护法律、法规的政府部门及其工作人员依法责任追究。
第四条 基本农田保护实行目标管理责任制。对依法划定的基本农田保护区，市人民政府与各县（市、区）人民政府、县人民政府与各镇（街）人民政府、镇（街）人民政府与村（居）委会、村（居）委会与村（居）民小组逐级签订年度基本农田保护目标责任书，明确保护责任和奖惩措施。
基本农田保护责任书应明确以下内容：基本农田的范围、面积、地段；基本农田的地力等级；保护措施；责任人的权利与义务；奖惩措施等。
第五条 市人民政府每年对县（市、区）人民政府、县（市、区）人民政府每年对各镇（街）基本农田保护工作进行检查考核，兑现奖惩。
第六条 各级人民政府要将基本农田保护工作纳入国民经济与社会发展计划、生态环境保护规划的重要内容，并向同级人大或其常委会报告基本农田保护情况，接受同级人大的监督。
第七条 各级人民政府编制土地利用总体规划时，必须把基本农田保护作为规划的重要内容，明确基本农田保护的布局安排、数量指标和质量要求。各级土地利用总体规划应当确定基本农田保护区，保护面积必须符合上一级土地利用总体规划的要求。
第八条 实行基本农田保护社会监督制。通过领导信访接待日、公开举报电话、设立举报箱、新闻曝光等形式，加强基本农田保护工作的社会监督。
第三章 基本农田保护区用途管制制度
第九条 严格控制基本农田转为非农业建设用地。依法划定的基本农田，任何单位和个人不得改变或者占用。国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目确需占用基本农田的，涉及的有关事项必须依法报批，并按法定程序调整规划，补划基本农田。
第十条 严格实行基本农田保护“五不准”：即不准除法律规定国家重点建设项目之外非农建设占用基本农田；不准以退耕还林为名，将平原地区耕作条件良好的基本农田纳入退耕范围；不准占用基本农田进行植树造林，发展林果业；不准以农业结构调整为名，在基本农田内挖塘养鱼或进行畜禽养殖以及其他严重破坏耕作层的生产经营活动；不准占用基本农田进行绿色通道和绿化隔离带建设。
