重点检查的范围主要包括三个方面：从社会团体的类型看，要将行业性社会团体作为检查重点；从社会团体和公募基金会与政府部门的关系看，要将有政府资助特别是有财政拨款、有政府购买服务项目、履行或代行政府职能特别是有行政事业性收费项目的社会团体和公募基金会作为检查重点；从日常监管及治理工作的情况看，要将有举报线索、社会各界反应强烈、财务会计工作基础薄弱、工作走过场以及过去监督检查存在问题的社会团体和公募基金会作为检查重点。
重点检查报告、工作总结及《社会团体和公募基金会“小金库”重点检查情况统计表》（附件3）要逐级汇总上报。各市州专项治理日常工作机构汇总后，于2010年12月5日前报送省治理“小金库”工作领导小组办公室。
（四）整改落实（截至2010年12月20日前）
各地各部门要针对治理工作中发现的问题，制定整改措施并抓好落实。一方面，要督促各社会团体和公募基金会对自查发现的问题纠正到位；另一方面，要针对重点检查发现的问题统一处理、处罚、处分标准和尺度，依纪依法处理“小金库”问题，严肃追究责任单位和责任人员的责任。在整改过程中要强化源头治理，完善制度，建立防治“小金库”的长效机制。
各市州、各全省性社会团体和公募基金会的业务主管单位专项治理日常工作机构要将专项治理工作情况形成书面报告，于2011年1月5日前报省治理“小金库”工作领导小组办公室。
四、专项治理的处理原则
对专项治理中发现的“小金库”，要严格按照“依纪依法，宽严相济”的原则进行处理。
（一）对自查发现的问题从轻从宽处理。凡自查认真、纠正及时的，对责任单位可从轻、减轻或免予行政处罚，对有关责任人员可从轻、减轻或免予处分。对自查出的“小金库”，要如数转入符合规定的单位账簿，依法进行财务、税务等相关处理。各业务主管单位对所主管的社会团体和公募基金会进行的内部检查，视同自查。
（二）对被查发现的“小金库”，除依法进行财务、税务等相关处理外，还要对责任单位和责任人员依法予以行政处罚，并依纪依法追究责任。
对设立“小金库”负有责任的领导人员和其他直接责任人员中的共产党员，依照《
设立“小金库”和使用“小金库”款项违纪行为适用〈中国共产党纪律处分条例〉若干问题的解释》，严肃追究责任；对设立“小金库”负有责任的领导人员和其他直接责任人员中由国家行政机关任命的，依照《
设立“小金库”和使用“小金库”款项违法违纪行为政纪处分暂行规定》，严肃追究责任。
