每个乡镇卫生院的具体考核指标由县级卫生行政部门确定，但应包括以下三个方面的基本内容和基本指标。
（一）基本公共卫生服务效能
1、数量指标。包括基础疫苗和扩大疫苗全程接种率、新生儿24小时内乙肝疫苗接种率；法定传染病及时报告率；产妇住院分娩率、孕产妇及儿童系统管理率；健康教育覆盖人口数及覆盖率等。
2、质量指标。包括婴儿死亡率、孕产妇死亡率等。
（二）基本医疗服务效能
包括每100张处方中抗生素、激素使用及门诊静脉输液情况，入出院诊断符合率、治愈（好转）率、门诊处方、住院病历书写合格率，次均门诊和住院费用增长率、病床使用率等。
（三）管理运行效能
包括执行国家和地方卫生政策情况；乡镇卫生院相关管理制度落实情况；资产财务管理情况；资金运行及收支平衡情况；院内设备完好及使用情况；院内绩效考核情况；对村卫生室的管理、指导情况；院内和个人卫生环境；群众对卫生院服务态度以及诊疗效果等方面的评价。
五、考核办法
（一）考核程序
乡镇卫生院绩效考核由县级卫生行政部门组成考核工作领导小组，统一组织安排，抽调县级疾控中心、妇保、卫生监督机构和乡镇卫生院的相关人员，组成考核工作小组，每年进行一次考核，考核工作完成后统一评定绩效考核结果。
（二）考核方法
1.查阅文件资料。查阅乡镇卫生院的统计报表、工作记录、处方、病历等相关文件。
2.现场检查。查看卫生院的内部设置、服务过程。
3.走访群众。调查10户农户或病人，了解群众的满意度。
六、考核结果
（一）绩效值计算
定量指标绩效值计算方法分为两种：凡要求有所增加或增长的正向控制指标，如住院分娩率等，指标绩效值按此公式计算：绩效值＝实际完成值/目标值×标准分值；凡要求有所减少的反向控制指标，如婴儿死亡率，指标绩效值按此公式计算：绩效值＝目标值/实际完成值×标准分值。
定性指标按照考核项目的具体评分办法扣减相应的标准分，得出实际绩效值。
各单项工作绩效值之和为被考核卫生院总绩效值。
（二）考核结果
