主要表现在一些行政机关对主要事实缺乏全面、准确的调查取证，就作出了具体行政行为，引发行政争议从而在行政复议中败诉。如郑州交运集团不服市国土局作出的郑国土资罚决字〔2010〕43、44号行政处罚决定书一案中，市国土局对申请人缴纳3510.32万元的土地预交款后未办理相关用地手续的原因未予以查明，同时对该地块的用地性质仍不清楚，就认定交运集团建设客运东站、金象物流分公司和商品车运输分公司属于非法占地，作出行政处罚主要事实不清，证据不足。
（二）不履行或怠于履行法定职责，致违法
主要表现为：工商、物价、食品药品管理等与群众生活密切相关的领域，消费者以及社会监督举报人举报、申诉范围大幅扩展，而一些行政机关由于执法人员法治观念不强、业务不熟、服务意识差等原因，未能及时处理消费者申诉、举报事项，从而引发争议后败诉。如赵正军不服市工商局违法移送举报一案中，赵正军以购买商品的标签存在虚假宣传产品疗效的情形为由进行举报，市工商局简单地将案件移送至违法食品生产地食品药品管理机关处理，未履行其自身对流通领域的法定监管职责，属于典型的行政不作为。
还有一些行政机关不重视政府信息公开工作。收到群众的政府信息公开申请后不当回事，置之不理，或答复日期超过法定期限，或对公开范围理不清、拿不准，不予答复，或在答复理由与程序上存在不当或错误，有的虽不属于本机关公开义务，但知道应公开机关而不予告知，推诿了事。究其原因主要是，有的单位没有认真贯彻落实《
政府信息公开条例》，缺乏法定责任意识，工作机构不健全，人员素质跟不上；有的行政机关领导还担心“公开越多，麻烦越多”；有的单位本身执法行为存在问题，怕公开后不好办、说不清。如，马田有等34人不服市规划局政府信息公开行政不作为案中，市规划局虽对马田有等人提出的政府信息公开申请作出了答复，但未依法履行告知义务，应视为市规划局未履行其政府信息公开法定职责。
（三）违反法定程序
一些具体行政行为实施过程中，未严格按照法定程序进行，导致或多或少的问题，甚至在事关当事人合法权益的关键环节、主要节点等方面违反法定程序。其中，告知、送达当事人程序不规范的问题尤为突出。如王新辉不服市工商局对其申诉行政不作为案中，王新辉申诉后，市工商局经核查有关情况后决定不予立案，却未履行告知义务，将结果告知消费者，违反了法定程序，导致败诉。
