第十七条 建设单位作为学科建设经费的投入主体，将每年的学科建设经费列入单位年度预算。通过科技开发、社会服务等方法拓宽筹资渠道，每个特色重点学科5年的建设经费理工农医类不低于500万元，人文社科类不低于300万元；每个省级重点学科5年的建设经费，理工农医类不低于200万元，人文社科类不低于100万元。管理学学科及应用性较强的学科（如心理学等）参照理工农医类学科投入标准。
第十八条 重点学科建设经费由单位财务部门单独明细核算，专款专用。其中用于硬件建设部分（如：购置仪器设备、先进软件、图书资料等）的，理工农医类学科不低于60%，人文社科类学科不低于40%。学科用于人才队伍建设的经费要有年度预算，根据学科具体情况每学科每年安排5至20万元。
第十九条 重点学科建设经费的使用以提高效益和质量为前提，在国家财务制度许可内尽可能减少管理层次和手续，并接受审计部门监督。
第五章 检查评估
第二十条 重点学科在建设期内实行年度报告、中期评估、期末验收制度。
第二十一条 建设单位每年年底对本单位省重点学科进行年度检查，填报《山东省十二五重点学科建设工作年度报表》。主要内容包括：建设规划执行情况，如队伍建设、科研进展、设备购置、经费使用等；重大学术活动情况；规章制度制定和执行情况（包括经费管理制度、仪器设备有偿使用制度、图书资料规章制度、研究人员聘任与内部分配制度等）；科技开发和成果转化情况 （包括合作单位与合作方式、解决的具体问题、产生的社会经济效益）等。
第二十二条 省教育厅于“十二五”中期组织重点学科的中期评估。评估的主要内容是：建设规划的执行情况；建设单位在设施、经费、政策、措施等方面的落实情况；建设单位职能部门和学科负责人的管理绩效等。评估时重点考察学科进步幅度（如人才培养质量、科技创新能力、取得的科研成绩及对社会的贡献率和学术梯队建设情况等）。
第二十三条 在评估中发现下列问题者，将视具体情况对建设单位给予提示，以致做出减少拨款、停止拨款、限期整顿、撤销资格等处理决定。问题包括在实验或办公用房、仪器设备、图书资料等方面无明显改善；配套经费不到位或违反经费使用规定；支持重点学科的政策措施不落实；未按计划完成建设任务；弄虚作假、谎报数据等。
