湄洲湾港口管理局及其下属事业单位的具体机构职责、人员编制等由省委编办按照规定程序研究后另文下达。
港口整合后，原福建省湄洲湾港口管理局、泉州市港口管理局、莆田市港口管理局机关及其下属机构人员（含离退休人员）按照“人随事走”的原则成建制划转到整合后的福建省湄洲湾港口管理局及其下属机构。
四、经费来源
在核定和调整原泉州市港口管理局和莆田市港口管理局收支基数的基础上，福建省湄洲湾港口管理局机关经费由省财政核拨；福建省湄洲湾港口管理局各下属机构的经费来源由省交通运输厅会同省委编办、省财政厅另文下达。
五、资产衔接
整合后，原福建省湄洲湾港口管理局、泉州市港口管理局、莆田市港口管理局及其下属事业单位资产（包括办公楼、办公设备等）一并划转，其管理类债权债务按照机构改革国有资产处置相关法律、法规规定开展资产清查，在资产清查等相关基础工作完成后，经主管部门审核并报同级财政等相关部门批准后无偿划转。省交通运输厅、泉州市政府、莆田市政府应当共同做好原泉州市港口管理局、原莆田市港口管理局及其下属事业单位资产划转、接收等工作，并加强国有资产监管，维护国有资产的安全完整。
六、湄洲湾港口联席会议
由省交通运输厅牵头，召集泉州市政府、莆田市政府、省政府口岸办及相关部门，建立湄洲湾港港口联席会议。主要任务是研究、协调湄洲湾港规划、建设、发展、运行中的重大问题。必要时，提请省政府或省港口发展协调委员会协调解决。
七、整合后的港口规划、建设、管理、税收、统计等
港口整合后，要做好整合后的湄洲湾港中长期发展规划，在原《泉州港总体规划》、《莆田港总体规划》等港口规划的基础上，根据泉州市、莆田市经济社会发展需要，综合修编成整合后的《湄洲湾港总体规划》，作为今后湄洲湾港发展的依据。
福建省湄洲湾港口管理局要主动服务地方经济发展，满足泉州、莆田两市对港口发展的愿望和需求，充分尊重地方政府在港口规划、建设、发展等方面的意见，支持地方经济发展。港口管理涉及的投资、经贸、国土、建设、海洋、环保、林业、水利、税务、工商、物价等行政管理事项按照属地管理原则仍由地方政府相关职能部门进行管理，相关职能部门在审批、审核前应当征求福建省湄洲湾港口管理局的意见。港口建设、经营的税收按现行财政体制规定属于市、县的部分，收入预算级次仍为所在地市、县财政收入。港口生产的统计信息同时报送泉州市政府和莆田市政府。
