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着力推进工业区环境基础设施建设。加快推进企业污水纳管，鼓励有条件的工业区开展集中供热，建立工业区固体废物集中收集体系，重点推进以化工、冶金、电子信息等为主导产业的工业区建设环境质量监测体系，推进绿化隔离带建设，部分高风险工业区建设围场河。建立工业区环境管理体系，理顺职责分工。开展104个工业区块的区域环评或跟踪评价，积极鼓励各工业区开展循环经济和清洁生产工作，创建生态工业园区。
5.强化污染源监管和清洁生产
深入推进重点企业清洁生产审核。将有色金属冶炼、化学原料及化学制品制造业等五个重金属污染防治防控行业以及石化、化工、制药等重污染行业作为清洁生产审核的重点行业。对太湖流域、水源保护区以及其他敏感区域等重点区域的“双有双超”企业和主要污染物减排企业开展强制性清洁生产审核。强化对重点企业清洁生产的评估和验收，进一步加大对评估验收工作的资金支持力度。
深化排污许可证制度和监督检查制度。在污染源普查基础上，建立重点污染源新增因子排放档案。针对不同行业制定污染物排放总量控制方案，加强工业企业污染排放管理。完善特征污染物评价标准，加强对特征污染因子的达标排放监管。继续建设和完善重点污染源在线监控系统，推进区县环保重点监管企业安装在线监控设备。提高现场环境监察和执法装备水平。
（五）农业与农村环境保护
围绕郊区新城和新农村建设，结合农村宅基地置换和人口向城镇集中，推进农村配套环境基础设施建设和环境综合整治。推进农业生产集约化和循环农业，减少污染排放，促进农业可持续发展。
1.强化养殖业污染治理
推进畜禽粪尿资源化循环利用。按照国家减排要求，在全市一批规模化畜禽养殖标准场建成粪尿生态还田工程，在20个规模化畜禽养殖场建成沼气综合利用示范工程，进一步推动循环农业发展。加强畜禽散养户管理，推进畜禽散养户向养殖小区、合作社等规模化经营模式转变，以村为单位建立畜禽散养户治理示范项目。
治理水产养殖污染。建设标准化水产养殖场5万亩，探索研究人工湿地等水体净化工程，改善水域生态环境；进一步加强在黄浦江上游、淀山湖等主要养殖水体的渔业资源增殖放流工作。
2.加强种植业面源污染防治
推进种植业面源污染结构减排。从提高耕地质量和农田环境质量、加强农产品安全监管、修复生态链和促进资源循环利用出发，从源头、过程和末端三方面控制化肥农药污染，切实减轻农业面源污染。建设高水平粮田18万亩，高水平设施菜田5万亩，加强高产优质品种和高产栽培技术的示范和推广，推广测土配方施肥平衡施肥技术和病虫害绿色防控技术。每年推广绿肥作物种植40万亩，有机肥20万吨，专用配方肥4万吨。以生态系统构建和生态沟渠建设为重点，建立5个农田污染物生态拦截示范工程，覆盖面积达到4500亩。
建设秸秆等农业废弃物综合利用示范工程。在继续推进农作物秸秆机械还田的基础上，建立和完善秸秆收集体制，在商品有机肥加工、食用菌培养基料和饲料、新型建材、再生资源和再生能源等领域积极推进秸秆综合利用，建设10个秸秆收集及综合利用示范工程，年收集处理秸秆16万吨，全市农田秸秆资源化综合利用率达到95％。
3.加强农村环境综合整治
开展农村环境综合整治，完成20万户农户的村庄改造，全市农业地区农村村庄改造率达到40％。加强农村生活污水治理，完成20万户分散农户的生活污水收集处理。完善农村生活垃圾“户投放、村收集、镇运输、区（县）处理”的收运处理系统。加强农村分散中小企业治理与监管，关停整治工业园区外分散小企业。进一步深化生态建设示范区工作，继续开展生态乡镇和生态村创建活动。
（六）生态环境建设
按照“提高生态文明水平”的总体要求，落实《上海市基本生态网络规划》，全面推进生态保护与建设。加快推进崇明三岛的生态保护和环境基础设施建设，优化城市生态格局，加强自然保护区管理和滩涂湿地保护与修复，逐步修复近海生态环境，促进人与自然和谐相处。
1.推进绿地林地建设和城市生态格局优化
优化市域生态空间结构。结合基础设施建设、新城建设、旧区改造和新农村建设，推进大型公共绿地、楔形绿地以及新城、小城镇和大型居住区绿地建设，基本建成外环绿带工程，启动郊环绿带、中心城区林荫大道等建设工程，加大老公园改造力度。到2015年，新建绿地5000公顷，建成区绿化覆盖率达到38.5%。着力发展立体绿化，以新建公共建筑屋顶绿化为重点，建设150公顷立体绿化，并加快研究制定相关政策法规。
有重点地推进林业建设工程。建设沿海防护林、水源涵养林、通道防护林、防污染隔离林、生态片林等林地15万亩。结合社会主义新农村建设工作，发展“四旁”林（村旁林、水旁林、路旁林、宅旁林）和农田林网，实施四旁绿化500万株。森林覆盖率达到15%。
全面提高绿化林业管理水平。加强资源监测，实施生态定位监测评价；逐步建立和完善绿化林业有害生物预警防控体系、智能化林火监测预警体系和陆生野生动物疫源疫病监测体系；提高绿地林地养护质量，加强行业管理，落实绿化林业长效管理机制。
2.加强自然生态保护
优化已建自然保护区的建设与管理。重点推进崇明东滩鸟类自然保护区的基础设施建设，强化九段沙湿地、中华鲟、大小金山岛等自然保护区的保护工作。
拓展生物多样性基础生态空间。初步形成国际重要湿地、国家重要湿地、自然保护区以及具有特殊科学研究价值的栖息地网络。引进和推广多种技术措施，促进野生种群及数量恢复和生境重建。配合青草沙水源地建设与保护，加强长兴岛和横沙岛的湿地保护。控制外来物种入侵，继续推进东滩互花米草生态控制与鸟类栖息地优化工程。
建立健全滩涂湿地管理体系。建立滩涂湿地跟踪监测制度，定期开展湿地生态评估。建立对滩涂湿地开发利用及用途变更的审批管理程序，并实施环境影响评价制度。对在长江口、杭州湾各片滩涂促淤圈围时受损的湿地生态系统进行补偿，保护野生鱼类洄游通道和繁殖场所，开展人工增殖放流。实施淀山湖湿地保护、恢复和重建一期工程。自然湿地保有率维持在30%以上。
加强生态环境评估。开展全市生态环境调查评估，评估生态系统健康状况，并提出缓解对策。启动生态观测试点，开展区域生态系统多样性研究。
3.继续推进崇明生态岛建设
严格实施《崇明生态岛建设纲要》，逐步完善崇明岛环境基础设施，进一步改善环境质量、加强生态建设，稳步建设世界级生态岛。
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