㈤ 贯彻执行交通运输行业科技政策、技术标准和规范；负责公路交通运输经济及技术管理。
㈥ 负责公路交通运输科技成果推广、应用，管理交通运输基础设施建设（改造）项目。
㈦ 负责并指导自治州农村公路的财务、审计、计划和统计工作。
㈧ 负责并指导自治州交通运输行业的法制宣传、行政复议、行政应诉和监督工作；指导交通运输行业职业教育和培训工作。
㈨ 负责自治州交通战备工作。
㈩ 承办自治州人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治州交通运输局设4个内设机构：
㈠ 办公室（计划财务科）。
组织协调机关的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、政务信息、政务公开、依法行政、组织人事、固定资产、财务、档案、保密、信访、老干、后勤服务等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理、效能建设等工作；负责全州农村公路建设专项资金的申请、拨付，对资金的使用进行监督管理。
㈡ 公路科。
负责拟订自治州公路建设发展规划，组织实施自治州县乡公路的规划、设计、建设工作，负责自治州公路学会工作；负责组织农村公路工程招投标工作。
㈢ 运输科。
贯彻执行自治州交通运输行业发展规划，培育和发展运输市场；负责全州客运站点规划建设工作；指导自治州交通运输系统体制改革工作；负责自治州交通运输系统安全生产管理工作，协调有关部门对运输市场进行监督检查和管理；指导城乡客运、城市公交、出租汽车管理工作；负责统筹城乡交通运输协调发展和城乡交通运输一体化。
㈣ 农村公路质量监督科（总工程师办公室）。
负责农村公路工程质量动态监督，检查施工质量；对农村公路工程进行质量鉴定，参加工程交工、竣工验收；负责农村公路工程的质量事故调查处理；监督检查重大工程质量事故的处理及执行情况；参与审查、审定农村公路的重点工序施工方案并监督其执行；负责贯彻执行有关农村公路工程建设管理的法规以及技术规范和技术标准；参与农村公路建设、养护工作的组织和管理；负责对农村公路建设、养护工作的设计图纸、关键施工技术方案进行初步审查；负责审查农村公路建设的工程变更、工程计量，对技术管理、合同管理工作进行监督检查；参与审查合同工程量清单规定的中间支付证书和最终支付证书；参与重大技术问题的处理，对县市基层单位提供技术管理和咨询服务。
