㈡ 业务科。
组织编制生态保护规划；承担农村生态环境保护工作，组织指导城镇和农村的环境整治工作；实施环境保护目标责任制；负责自然保护区管理；负责自治州建设项目审批和竣工验收及日常环境管理工作；指导协调重大突发环境事件的应急、预警工作；负责水体、大气、土壤、噪声、有毒化学品、固体废物和医疗垃圾等环境污染防治的监督管理；会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作；参与指导循环经济和推动清洁生产等工作。
纪检（监察）组：负责机关及直属事业单位党的纪律检查和行政监察工作。
四、人员编制和领导职数
自治州环保局机关行政编制8名。其中：县级领导职数4名（含纪检组长），内设机构科级领导职数2名。
按规定核定机关工勤事业编制2名。
五、事业单位
㈠ 博尔塔拉蒙古自治州环境监测站。相当于科级，全额拨款事业单位，隶属于自治州环保局管理。列全额事业编制16名，其中：科级领导职数3名。
主要职责：承担国控、区控重点污染源监督性监测，重点工业区特征污染物专项监测，地表水、城市饮用水、沙尘、酸雨、生态环境质量等例行监测，重大、一般性污染事故应急监测，负责编制各类环境监测报告和环境质量公报等。
㈡ 博尔塔拉蒙古自治州环境监察支队。相当于科级，全额拨款事业单位，隶属于自治州环保局管理。列全额事业编制7名，其中：科级领导职数3名。
主要职责：负责自治州环境执法监察工作，受自治州环保局委托查处各类环境违法行为，负责排污申报登记的审核和排污许可证的发放等工作，落实自治区和自治州污染减排目标责任、总量控制计划并组织实施，依法开展排污费征收等工作。
㈢ 博尔塔拉蒙古自治州环境信息中心。相当于科级，全额拨款事业单位，隶属于自治州环保局管理。列全额事业编制3名，其中：科级领导职数1名。
主要职责：组织开展全州环境数据及环境信息的收集、传输、存储、处理及共享工作，负责自治州环境信息与统计数据中心及自治州污染源在线监测平台建设、维护、运行等工作，拟订自治州环境保护宣传教育规划和计划并组织实施，开展绿色系列创建活动。
六、其他事项
