组织协调机关的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、政务信息、政务公开、依法行政、组织人事、固定资产、财务、档案、保密、信访、老干、后勤服务等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理、效能建设等工作；承办局领导交办的其他事项。
㈡ 医政科。
拟订医疗机构的发展规划，指导医疗机构改革工作；负责医务人员执业注册及医疗服务质量的管理；负责医疗机构设置审批工作；负责卫生考务工作；负责组织协调医疗事故的鉴定和处理；依法监督血站单采血浆站的采供血及临床用血质量；组织协调重大人员伤亡事件的紧急救护；负责医药卫生技术人员的继续教育培训；宏观管理中医、中西医结合和民族医的工作；负责医疗技术合作、技术交流及卫生系统外事活动。
㈢ 妇幼保健与社区卫生科。
拟订自治州社区卫生服务的发展规划和服务标准，指导社区卫生规划实施；拟订自治州妇幼卫生工作的发展规划、措施；监督母婴保健专项技术的实施；统筹协调健康教育工作，负责妇幼项目的督导、考核评价工作；负责母婴保健专项技术服务执业许可审批及技术管理；组织实施妇幼保健专业人员培训；负责妇幼卫生信息收集及统计分析。
纪检（监察）组：负责机关及直属事业单位党的纪律检查和行政监察工作；指导卫生系统的党纪、党风和行政监察工作。
四、人员编制和领导职数
自治州卫生局机关行政编制11名。其中：县级领导职数4名（含纪检组长），内设机构科级领导职数4名（含机关党委专职副书记）。
按规定核定机关工勤事业编制1名。
五、事业单位
㈠ 博尔塔拉蒙古自治州人民医院。相当于正县级，差额拨款事业单位，隶属于自治州卫生局管理。内设50个科室。列差额事业编制533名，其中：县级领导职数7名（含纪检委书记、工会主席），内设机构科级领导职数100名。（机构编制方案另行文）
㈡ 博尔塔拉蒙古自治州蒙医医院。相当于正县级，差额拨款事业单位，隶属于自治州卫生局管理。内设16个科室。列差额事业编制 85名，其中：县级领导职数5名，内设机构科级领导职数32名。（机构编制方案另行文）
㈢ 博尔塔拉蒙古自治州疾病预防控制中心。相当于正县级，全额拨款事业单位，隶属于自治州卫生局管理。内设办公室、疾病预防与控制科、计划免疫科、结核病防治科、卫生科、职业病防治科、检验科7个科室。列全额事业编制51名，其中：县级领导职数4名，内设机构科级领导职数10名。（机构编制方案另行文）
