㈣ 负责自治州疾病预防控制工作，拟订自治州传染病、地方病、慢性病和其它重大疾病防治规划及防治措施，并组织实施；会同有关部门拟订职业病防治规划；协调相关部门对重大疾病实施防控与干预，定期收集、报告传染病疫情信息。
㈤ 拟订并组织实施自治州农村卫生发展规划，负责自治州新型农牧区合作医疗的综合管理。
㈥ 拟订自治州社区卫生、妇幼卫生发展规划和措施，指导全州社区卫生服务体系建设，负责自治州妇幼保健的综合管理和监督。
㈦ 负责自治州医疗服务行业监督管理，贯彻落实自治区医疗服务、技术、质量和采供血机构管理的政策，建立自治州医疗机构医疗服务评价和监督体系。
㈧ 承担自治州食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任；负责自治州食品及相关产品的安全风险评估、预警工作，统一发布重大食品安全信息。
㈨ 承担自治州建立国家基本药物制度工作，根据国家、自治区药物政策和基本药物制度要求，指导自治州医疗机构药物临床应用及安全监管工作。
㈩ 负责规范自治州卫生行政执法工作，按照职责分工，负责自治州职业卫生、医疗机构放射卫生、环境卫生、学校卫生和公共场所、饮用水的卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法违规行为。
（十一） 贯彻中西医并重的方针，协调有关部门共同发展自治州中医、蒙医、维吾尔医等传统医药事业。
（十二） 组织开展自治州医学继续教育工作，管理各类医疗卫生学会，承担自治州医疗事故的鉴定工作。
（十三） 指导全州卫生人才队伍建设，会同有关部门拟订自治州卫生人才发展规划并组织实施；负责自治州卫生技术人员资格考试及注册工作。
（十四） 负责卫生援博事宜的组织协调工作，会同有关部门指导和监督卫生援博项目的落实。
（十五） 负责自治州保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，承担自治州重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
（十六） 承担自治州艾滋病防治工作委员会、自治州爱国卫生运动委员会的具体工作。
（十七） 承办自治州人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治州卫生局设3个内设机构：
㈠ 办公室。
