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（一）申报立项
省教育厅会同省财政厅分年度开展“质量工程”项目申报、评审和立项工作。各高校在校级“质量工程”建设的基础上，按照教育厅制定印发的年度计划，在校级“质量工程”项目中择优遴选向教育厅推荐申报；教育厅按照集中受理、统一评审的方式，组织专家对各高校的申报项目进行评审并提出立项意见，会同省财政厅审核同意后正式批复立项建设。公共类、共享型项目由省教育厅、省财政厅根据需要，组织具备条件的学校进行申报、立项。
各高校在组织申报省级“质量工程”项目时，应对推荐项目进行严格审查和总量控制，对推荐项目总体水平不高的学校，省教育厅、省财政厅将严格控制新增立项和经费资助额度。
四川省“质量工程”建设项目一经批准，建设内容、进度安排以及项目负责人不得随意调整。如因特殊原因确需调整的，项目单位须提交书面报告，经省教育厅、省财政厅批准后方可执行。
（二）分级负责
“质量工程”项目实行教育厅、学校、项目负责人三级管理，具体职责如下：
省教育厅成立“质量工程”项目建设小组，全面负责省级项目的规划和组织管理。具体职责包括：统筹指导“质量工程”项目的建设与管理工作；制定年度实施计划，组织项目申报与评审，提出立项方案，监督经费使用情况；组织对项目的检查、验收和评价；定期组织专题研讨交流活动，充分发挥项目示范作用，促进优质教育资源共享。
各高校负责本校省级“质量工程”项目和校级“质量工程”的建设与管理工作。具体职责包括：编制本校“质量工程”建设规划，设立“质量工程”建设专项资金，分年度申报四川省“质量工程”项目，并对相关材料的真实性负责；按照省教育厅、省财政厅批复的项目建设内容，统筹规划，组织项目实施，加强过程管理，确保按照项目进度安排完成建设任务；分年度向省教育厅、省财政厅书面报告项目进展情况。
各项目负责人负责该项目的具体实施工作。具体职责包括：依照上级有关要求和建设目标，制订项目建设计划；具体落实项目实施工作，确保项目的实施进度和建设质量；自我评价项目建设绩效；宣传、展示项目建设成果，主动发挥示范、共享作用。
（三）过程监控
省教育厅、省财政厅将适时对全省各高校所承担的项目建设进展情况、资金使用情况等进行督导检查和评估验收。项目建设期满后，采取审读项目单位建设总结报告或进入项目单位实地检查等形式验收项目完成情况。
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