㈡ 博尔塔拉蒙古自治州动物疾病控制与诊断中心。相当于副县级，全额拨款事业单位，隶属于自治州畜牧兽医局管理。内设办公室、动物疫病监测科、兽医技术服务科（兽医药械供应科）3个科室。列全额事业编制12名，其中：领导职数2名（副县级1名、正科级1名），内设机构科级领导职数6名。（机构编制方案另行文）
㈢ 博尔塔拉蒙古自治州草原工作站（蝗虫鼠害防治测报站）。相当于副县级，全额拨款事业单位，隶属于自治州畜牧兽医局管理。内设办公室、业务科、蝗虫鼠害防治测报办公室3个科室。列全额事业编制14名，其中：领导职数2名（副县级1名、正科级1名），内设机构科级领导职数6名。（机构编制方案另行文）
㈣ 博尔塔拉蒙古自治州草原监理所（草原防火办公室）。相当于副县级，全额拨款事业单位，隶属于自治州畜牧兽医局管理。列全额事业编制9名，其中：领导职数3名（副县级1名、正科级2名）。
主要职责：负责全州草原生态保护补助奖励机制落实和禁牧、草畜平衡工作的监督管理；承担草原资源与生态监测和预警系统的建设、管理；开展草原防火安全教育，组织草原火情隐患监测预报和防火灭火工作；承办草原使用证的审核、发证工作，监督管理草场利用，核查各类草场载畜量，依法处理草场纠纷，查处非法开垦草场、采挖收购野生药用和经济植物的违法案件；依法监督牧草种子的生产和经营，查处经营过程中使用假冒伪劣牧草种子的违法案件。
㈤ 博尔塔拉蒙古自治州畜牧工作站。相当于科级，全额拨款事业单位，隶属于自治州畜牧兽医局管理。列全额事业编制10名，其中：科级领导职数2名。
主要职责：贯彻执行国家、自治区有关畜禽品种改良法律、法规，拟订并组织实施自治州畜禽品种改良发展规划、计划以及畜禽饲养管理技术标准；承担种畜禽质量安全监督与管理、畜牧业良种和技术推广；承担饲养管理技术推广服务、畜禽资源保护与开发利用、畜牧技术支撑体系建设以及公益性事业职能；负责规模化、标准化养殖和畜牧业产业化建设工作，实施畜牧业公共服务信息平台建设。
六、派出机构
阿拉山口口岸畜牧兽医分局（动物卫生监督所）是自治州畜牧兽医局的派出机构，行政和业务上受自治州畜牧兽医局和阿拉山口口岸管委会的双重管理。相当于科级，列全额事业编制5名，其中：科级领导职数2名。
