根据上述职责，自治州畜牧兽医局设3个内设机构：
㈠ 办公室。
组织协调机关的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、政务信息、政务公开、依法行政、组织人事、固定资产、财务、档案、保密、信访、老干、后勤服务等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理、效能建设等工作；承担畜牧突发事件应急综合管理工作；牵头协调畜牧兽医系统和行业安全生产；承办局领导交办的其他事项。
㈡ 畜牧草原科。
负责拟订畜牧业综合发展规划、年度计划和扶持畜牧业发展的政策并组织实施；负责全州畜禽品种改良、畜牧产业化、抗灾减灾、牧民定居、草原建设和保护、种畜禽管理、国有牧场管理、规模化和标准化养殖等工作；依法落实草原承包责任制；指导草原虫鼠害测报防治和草原防火工作；推进草原生态保护补助奖励机制的实施；负责全州畜牧业生产统计和畜牧业新技术推广工作；负责畜牧业项目管理工作；负责查处畜牧行政执法方面的违法案件；承担科技兴牧、科普宣传、畜牧业人才队伍培训、畜牧业信息化平台建设等工作。
㈢ 兽医科。
负责拟订并组织实施全州动物疫病防治、扑灭规划、应急预案和计划；负责全州动物防疫、检疫、疫情监测以及兽医医政、兽医药政、官方兽医、执业兽医、动物产品安全、兽医实验室生物安全监督管理工作；负责兽医及兽药行业建设项目管理工作；负责全州兽医行政执法工作；负责畜产品质量安全和奶业工作。
纪检（监察）组：负责机关及直属事业单位党的纪律检查、行政监察工作，指导畜牧兽医系统的党纪、党风和行政监察工作。
四、人员编制和领导职数
自治州畜牧兽医局机关行政编制13名。其中：县级领导职数4名（含纪检组长、首席兽医官），内设机构科级领导职数6名（含机关党委专职副书记1名）。
按规定核定机关工勤事业编制2名。
五、事业单位
㈠ 博尔塔拉蒙古自治州动物卫生监督所。相当于副县级，全额拨款事业单位，隶属于自治州畜牧兽医局管理。内设办公室、动物卫生监督科、动物卫生检疫科3个科室。列全额事业编制15名，其中：领导职数2名（副县级1名、正科级1名），内设机构科级领导职数6名。（机构编制方案另行文）
