㈥ 指导乡镇企业集聚和园区建设，推动休闲、旅游农业等农村二、三产业发展；会同有关部门组织开展招商引资，推进农产品精深加工业发展；指导企业名牌战略实施、品牌创建和质量体系建设，扶持农业产业化经营组织、农民专业合作经济组织建设与发展，提升农业产业化经营水平。
㈦ 负责农产品质量安全和农产品产地环境监测，通报有关农产品质量安全状况信息，组织实施符合安全标准的农产品认证和监督管理，指导农业检验检测体系建设。
㈧ 负责农业教育培训工作，会同有关部门实施农村实用人才培训工程和农村劳动力转移就业培训工作。
㈨ 组织拟订并实施农业生态建设规划，指导农村可再生能源综合开发与利用，指导农业生物质产业发展和农业农村节能减排，负责农业面源污染治理有关工作。
㈩ 负责农业信息体系建设，监测分析农业和农村经济运行情况，发布相关信息。
（十一） 承办农业涉外事务，组织开展对外经济技术交流与合作；指导协调地方国有农场的经济和社会发展。
（十二） 承办自治州人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，自治州农业局（乡镇企业局）设4个内设机构：
㈠ 办公室。组织协调机关的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、政务信息、政务公开、依法行政、组织人事、固定资产、财务、档案、保密、信访、老干、后勤服务等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理、效能建设等工作；承担农业突发事件应急综合管理工作；牵头协调本系统和农业行业安全生产；承办局领导交办的其它事项。
㈡ 种植业科。拟订种植业发展规划、计划并组织实施；指导种植业结构和布局调整及标准化生产工作；承担发展特色农业和设施农业的相关工作；组织开展粮棉等主要农作物高产创建活动；协调组织农作物重大病虫草鼠害监测、预警和组织防治工作；指导农业防灾减灾和灾后生产恢复；负责农业生产统计工作，发布自治州农情信息。
㈢ 乡镇企业科（农产品加工科）。拟订乡镇企业、农产品加工业发展规划、计划并组织实施；负责休闲、旅游农业等农村二、三产业发展工作；负责为企业提供融资、技术、人才、信息、创业等服务工作；承担乡镇企业、农产品加工业项目管理、财政专项扶持资金、绩效考核和项目库建设等工作；负责乡镇企业、农产品加工业信息化建设、统计调查和经济运行分析工作。
