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根据上述职责，贵港市环境保护局内设8个科（室）。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案、文秘、信息、安全、保密、信访、督查、政务公开、对外接待等工作。承担机关、直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资等工作；承担环境保护部门领导干部双重管理的有关工作；指导全市环保系统机构建设、队伍建设和行政体制改革；负责机关和指导直属单位离退休人员服务工作。
（二）规划财务科
组织编制环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；承担环境保护责任考核工作；组织财政专项资金的申报并提出安排意见；组织实施基本建设项目，会同有关部门管理市本级环境保护资金；负责对局机关和直属单位国有资产管理、财务划拨和内部审计工作；组织实施政府采购管理工作。组织开展环境保护对外合作与交流工作，组织协调环境保护国际条约的履约工作等。
（三）政策法规科
起草环境保护地方性法规、规章草案；组织拟订环境保护政策，组织开展环境战略问题和综合性环境保护政策调研，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议、行政应诉、行政处罚等工作。
（四）污染物排放总量控制科
拟订全市主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划，负责主要污染物总量减排的督查、督办、核查及考核工作；负责水污染排放许可证审批和发放；承担环境统计和污染源普查工作；承担贵港市污染减排工作领导小组办公室的日常工作。
（五）环境影响评价管理科
依法审批规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；负责本辖区环境影响评价工作机构日常管理工作；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。
（六）污染防治科
监督管理大气、水体、土壤、光、恶臭、噪声、固体废物、化学品以及机动车尾气等污染防治；拟定有关污染防治规划并组织实施，起草相关法律法规草案；监督管理饮用水源地环境保护工作，组织指导城乡环境综合整治，污染源限期治理等工作；组织实施排污申报登记、跨县（市、区）界河流断面水质考核等环境管理制度；负责核安全、辐射环境安全、放射性废物的监督管理；承担核事故、辐射环境事故的应急和调查处理；对核设施安全、放射源安全、放射性废物和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实施监督管理；负责辐射安全许可证及放射性同位素转让审批和备案工作；承担核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿物资源开发利用项目环境影响评价文件的审批、竣工验收及日常监管工作；参与反生物、化学、核与辐射恐怖袭击工作。
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