申请企业登录“科技型中小企业技术创新基金”网站（http：//www.innofund.gov.cn）完成企业的注册和认证；通过“国家创新基金网络工作系统”完成申请材料的填写（可采用在线方式或离线下载方式）和相关附件的扫描和录入；同时按属地化原则向当地科技部门、财政部门提出书面申请。
第十四条 各市（区）科技局会同财政局应认真做好本地区项目的审核工作，在规定的时间内，按国家创新基金项目材料申报要求，将项目申请报告及相关材料汇总，联合上报省科技厅和省财政厅。各市高新区、省管县项目申报工作纳入各市（区）管理。
第十五条 省科技厅会同省财政厅建立专家评审制度，组织相关技术、财务、管理、市场等方面的专家，依据《科技型中小企业技术创新基金专家评审工作规范》，对各市（区）申报的项目进行评审，同时根据国家创新基金相关要求择优筛选推荐国家创新基金项目。
第十六条 申请企业一经国家科技部、财政部确认立项为国家创新基金项目，省科技厅会同财政厅将按照相关规定，确定省创新资金支持国家创新基金项目的金额。
第十七条 省科技厅会同省财政厅根据每年支持国家创新基金项目后结余资金规模，在已推荐到国家但未获资助的项目中择优选择，确定省上支持项目金额。
第十八条 省科技厅会同省财政厅下达项目计划。省财政厅下达资金预算并全额拨付资金到相关市（区）。
第十九条 支持国家创新基金项目的资金，各市（区）财政局应在收到专项资金10个工作日内拨付到项目承担单位。省创新资金支持的项目资金，各市（区）财政局应在收到专项资金10个工作日内，将下拨资金中的80％拨付到项目承担单位，其余20％资金，待项目验收合格后再另行下拨。2011年以前国家创新基金项目省上支持部分，省财政将直接拨付到项目承担单位。
第二十条 项目单位收到财政部门拨付的专项资金后，按照《
企业财务通则》有关规定进行账务处理。
