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（二）规划建设科（行政审批科）。
研究提出全市水利发展规划、中长期规划和年度投资建议计划，组织编制全市重大水利综合规划、专业规划和专项规划，指导全市水利规划编制工作；负责审查除大型水利工程以外的其它水利工程项目建议书、可行性研究报告和初步设计；协调流域开发工作；负责全市水利综合统计工作。负责水利工程建设与运行管理；负责水利建设的监督管理工作。负责水利行政许可项目、非行政许可审批项目及行政事业性收费项目的实施；负责对水利政务窗口的管理。
（三）水资源科。
负责全市水资源的统一管理和保护；负责监督实施取水许可制度、水资源有偿使用、水资源论证制度；组织全市水资源调查评价和监督工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制市级水资源保护规划；指导全市饮用水水源保护、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；负责全市城市供水的水资源规划和全市节约用水工作；组织拟定全市和跨区县（市）的水长期供求规划；指导水利建设项目环境保护工作。
（四）科技科。
组织实施全市水利科学技术发展规划；承办重大水利科学研究与技术引进推广工作，指导和监督实施水利行业技术标准和规程规范；指导水利行业知识产权保护工作；负责有关水利国际合作和外事工作。
（五）安全监督科（市水政监察支队）。
指导并监督全市水利行业安全生产工作，承担局系统安全生产监管责任；指导水库、水电站大坝等水利工程的安全监管，指导实施水利工程质量和安全监督，组织或参与重大水利安全事故的调查处理。拟订全市水利法制建设规划并组织实施；研究水利工作的政策；承办行政应诉、行政复议和行业普法宣传教育工作。
（六）财务科。
指导全市水利行业的财务、会计管理和国有资产监管工作；编制水利部门预算；承担局机关并指导直属单位的财务管理和内部审计工作；承担全市水利资金和局直单位国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；负责局行政事业性收费统一管理工作。
（七）人事科。
负责局机关和直属单位的人事管理和机构编制等工作；负责专业技术干部职称评聘、工人技术等级考核和职业技能鉴定等工作；指导全市水利体制改革和全市水利队伍建设工作。
（八）离退休人员管理科
负责局机关离退休人员管理、服务工作，指导直属单位的离退休人员管理工作。
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