序号
| 标题
| 发文日期
| 文号
| 废止或失效的条款
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| 1 | 云南省税务局转发国家税务总局关于加强出口退税管理，严格审核退税凭证的通知 | 1994/7/18 | 云税退字[1994]015号 | 第二段废止 |
| 2 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于明确军工企业范围的通知 | 1995/4/5 | 云国税所字[1995]18号 | 第一条、第二条废止 |
| 3 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于地质矿产部所属地勘单位征税问题的补充规定 | 1995/10/24 | 云国税所字[1995]58号 | 第一条、第二条废止 |
| 4 | 云南省国家税务局转发财政部、国家税务总局关于保险企业缴纳企业所得税问题的补充通知 | 1996/11/11 | 云国税所字[1996]77号 | 第一、二条废止 |
| 5 | 云南省国家税务局、云南省农村金融体制改革领导小组办公室转发国家税务总局、国务院农村金融体制改革部协调小组办公室关于印发《农村信用合作社贷款呆帐核销暂行规定》的通知 | 1997/3/24 | 云国税发[1997]87号 | 第一、二条废止 |
| 6 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于开展创建最佳办税服务厅活动的通知 | 1997/9/17 | 云国税发[1997]252号 | 第一条至第五条废止 |
| 7 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于印发《城市合作银行税收、财务管理若干问题的处理规定》的通知 | 1997/12/15 | 云国税函[1997]291号 | “城市合作银行的资产盘亏、损失及投资损失……报批处理。”废止 |
| 8 | 云南省国家税务局 云南省财政厅转发财政部 国家税务总局关于出口货物退（免）税若干问题的通知 | 1998/10/12 | 云财税政[1998]64号 | 第一、七条废止 |
| 9 | 云南省国家税务局转发云南省物价局等六厅局关于对企业实施改革改组改造过程中的有关收费实行减免及有关问题的通知 | 1998/11/4 | 云国税发[1998]393号 | 第一条至第三条废止 |
| 10 | 云南省国家税务局关于增值税若干业务问题的通知 | 1999/4/6 | 云国税发[1999]116号 | 第三条废止（第一、四、五、六条已被云国税函〔2007〕574号废止，第七条已被云国税函〔2007〕415号废止） |
| 11 | 转发国家税务总局 国家质量技术监督局关于加油机安装税控装置和生产使用税控加油机有关问题的通知 | 1999/7/8 | 云国税发[1999]214号 | 第1条中“三是清理整顿过程中发现有偷税、骗税等问题，要按《征管法》规定严肃查处，触犯法律的，要移送司法机关追究刑事责任；四是要将清理整顿工作与换发税务登记证件工作结合起来，对清理整顿合格的，换发新的税务登记证，不合格的，要吊销其税务登记证，清缴税款，收缴发票。待整顿合格后再重新登记”规定废止 |
| 12 | 云南省国家税务局关于加强增值税一般纳税人运费进项税额抵扣管理有关问题的通知 | 1999/11/26 | 云国税发[1999]332号 | 第一条第（一）款、第（二）款中“和‘国际航空货运单’”、第五条中“同时在运费结算单据上……批准使用的收购凭证。”、第六条第（五）款、第（六）款、第（八）款、第（十一）款、第（十二）款、第七条废止。（第一条第（三）款、第（四）款已在云国税函〔2007〕574号文中废止。） |
| 13 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于进一步加强出口货物税收管理严防骗税案件发生的通知 | 1999/12/10 | 云国税发[1999]348号 | 第四条废止 |
| 14 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于加强出口货物退税专用税票电子信息管理工作的通知 | 2000/8/7 | 云国税函[2000]383号 | 第一至第六条废止 |
| 15 | 云南省国家税务局转发财政部国家税务总局海关总署关于云南省边境贸易发展中有关税收政策的通知 | 2000/9/14 | 云国税发[2000]223号 | 第一、二、三、四、五条废止 |
| 16 | 云南省国家税务局转发财政部国家税务总局关于飞机维修增值税问题的通知 | 2000/11/8 | 云国税发[2000]261号 | “对飞机维修行业取得飞机维修劳务收入的增值税实际税负应按月计算，当月按规定缴纳的增值税超过不含增值税的计税收入的6%的部分应在次月的月底以前经县（市、区）局审批后予以退还。今年1月1日至文件下达前这一期间的应退税款应在今年年底以前退还纳税人。”废止 |
| 17 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于国务院各部门机关后勤体制改革有关税收政策具体问题的通知 | 2000/12/25 | 云国税发[2000]298号 | “请结合《云南省国家税务局转发国家税务总局……一并贯彻执行。”废止 |
| 18 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于推行增值税防伪税控系统若干问题的通知 | 2001/1/4 | 云国税发[2001]2号 | “同时附发《云南省计委关于核定我省增值税防伪税控系统专用设备和技术维护价格的通知》（计价[2000]1189号），各地应根据此文件对技术服务单位防伪税控系统专用设备销售和售后服务价格执行情况进行监督。”废止 |
| 19 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于印发《金税工程增值税管理部门岗位设置及职责（试行）》的通知 | 2001/2/21 | 云国税发[2001]52号 | 第一、二、三条废止 |
| 20 | 云南省国家税务局转发财政部、国家税务总局关于调整烟类产品消费税政策的通知 | 2001/7/12 | 云国税发[2001]185号 | 第一条至第八条废止 |
| 21 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于加油站一律按照增值税一般纳税人征税的通知 | 2001/12/17 | 云国税函[2001]671号 | 第一、二条废止 |
| 22 | 云南省国家税务局关于印发《云南省国家税务局加油站税收管理暂行办法》的通知 | 2001/12/29 | 云国税发[2001]319号 | 《云南省国家税务局加油站税收管理暂行办法》第三章废止 |
| 23 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于印发《生产企业出口货物“免、抵、退”税管理操作规程》（试行）的通知 | 2002/2/25 | 云国税发[2002]35号 | 第二、三、四、五条废止 |
| 24 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于认真开展专项整治切实加强集贸市场税收征管工作的通知 | 2002/3/26 | 云国税发[2002]56号 | 第二条第（二）款，第二条第（三）款废止 |
| 25 | 云南省国家税务局转发财政部 国家税务总局关于金融企业所得税税前扣除呆帐损失有关问题的通知 | 2002/4/30 | 云国税发[2002]82号 | 第一、二、三条废止 |
| 26 | 云南省国家税务局转发国家税务总局第2号令颁发的《成品油零售加油站增值税征收管理办法》的通知 | 2002/5/8 | 云国税发[2002]84号 | 第三、五条废止 |
| 27 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于中央各部门机关后勤体制改革有关税收政策具体问题的通知 | 2002/5/17 | 云国税发[2002]91号 | “请结合《云南省国家税务局转发国家税务总局……一并贯彻执行。”废止 |
| 28 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知 | 2003/3/3 | 云国税发[2003]44号 | 第一、二条废止 |
| 29 | 云南省国家税务局转发国家税务总局、海关总署关于正式启用“口岸电子执法系统”出口退税子系统的通知 | 2003/3/17 | 云国税发[2003]51号 | 第四条废止 |
| 30 | 云南省国家税务局关于双柏县电力资源开发中心销售并负责安装配电线路征收增值税问题的批复 | 2003/4/25 | 云国税函[2003]422号 | “及财政部、国家税务总局《关于增值税、营业税若干政策规定的通知》（94财税字第〔026〕号）第四条第（一）款之规定”废止 |
| 31 | 云南省国家税务局关于深入开展集贸市场税收专项整治提高税收管理质量的通知 | 2003/5/14 | 云国税发[2003]93号 | 第四条第四款中“对定期定额征收的纳税人实际经营额超过核定应纳税经营额20%以上而不主动向税务机关申报的纳税人进行重点检查，一经查实，除追缴税款、滞纳金外，严格按《税收征管法》及其实施细则的有关规定进行处罚”规定废止 |
| 32 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于贯彻《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则若干具体问题的通知 | 2003/5/16 | 云国税发[2003]101号 | 第一条，第三条中“简并征期只能适用于对实行定期定额缴纳税款管理的纳税人，我省实行简并征期的纳税期限暂定为按半年方式缴纳税款”规定废止 |
| 33 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于重新修订《增值税一般纳税人纳税申报办法》的通知 | 2003/7/3 | 云国税发[2003]134号 | 第三条“、（表三）、（表四）……《征税/扣税单证汇总簿封面》、《发票领用存月报表》、《分支机构销售明细表》、《货物清单》”，第四条、第五条、第六条废止 |
| 34 | 云南省国家税务局关于进一步规范资源综合利用增值税优惠政策管理的通知 | 2003/9/8 | 云国税发[2003]175号 | 第一、四、十六条废止 |
| 35 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于使用增值税专用发票电子信息审核出口退税有关事项的通知 | 2003/9/22 | 云国税函[2003]961号 | 第一、二、三、四、五条废止 |
| 36 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于调整饲料生产企业饲料免征增值税审批程序的通知 | 2003/11/4 | 云国税发[2003]222号 | 第一条、第三条（第二条已被云国税函〔2007〕574号废止）废止 |
| 37 | 云南省国家税务局 云南省财政厅关于云南华能澜沧江水电有限公司及云南华能漫湾发电厂税收征收管理办法的通知 | 2003/11/10 | 云国税发[2003]232号 | 第五条失效 |
| 38 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于出口货物专用税票电子信息审核有关问题的通知 | 2004/1/6 | 云国税函[2004]5号 | 第一、三条废止 |
| 39 | 云南省国家税务局、云南省地方税务局关于转发国家税务总局第7号令《税务登记管理办法》的通知 | 2004/1/16 | 云国税发[2004]4号 | 第六条规定废止 |
| 40 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于使用增值税专用发票认证信息审核出口退税的紧急通知 | 2004/2/9 | 云国税函[2004]70号 | 第一、二、三条废止 |
| 41 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于进一步落实税收优惠政策促进农民增加收入的通知 | 2004/2/11 | 云国税发[2004]21号 | 第六条中“各级基层国税机关要建立纳税定额核定听证制度，对达到起征点的纳税人的定额核定，要充分听取当事人的意见和社会各界的意见，取得社会各界和纳税人的理解和支持”规定废止 |
| 42 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于统一全国普通发票分类代码和发票号码的通知 | 2004/5/19 | 云国税函[2004]459号 | 第一条至第三条及附件2废止 |
| 43 | 云南省国家税务局关于简化增值税专用发票发售审批程序有关问题的通知 | 2004/5/26 | 云国税发[2004]125号 | 第二条“《云南省国家税务局转发国家税务总局关于加强商贸企业增值税征收管理有关问题的通知》》（云国税发〔2001〕183号）和《云南省国家税务局转发国家税务总局关于使用增值税防伪税控系统的增值税一般纳税人资格认定问题的通知》（云国税函〔2002〕304号）仍继续执行。”废止 |
| 44 | 云南省国家税务局转发国家税务总局关于实施税务行政许可若干问题的通知
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