农副食品加工业：逐步淘汰猪、牛、羊、禽手工屠宰工艺；年处理10万吨以下、总干物收率97%以下的湿法玉米淀粉生产线。
化学原料及化学品制造业：淘汰200万吨/年及以下常减压装置，废旧橡胶和塑料土法炼油工艺，焦油间歇法沥青生产线；10万吨/年以下的硫铁矿制酸和硫磺制酸，平炉氧化法高锰酸钾，隔膜法烧碱生产装置，平炉法和大锅蒸发法硫化碱生产线，芒硝法硅酸钠（泡花碱）生产线；半水煤气氨水液相脱硫、天然气常压间歇转化工艺制合成氨、一氧化碳常压变化及全中温变换（高温变换）工艺、没有配套硫磺回收装置的湿法脱硫工艺，没有配套建设吹风气余热回收、造气炉渣综合利用装置的固定层间歇式煤气化生产装置。
饮料制造业：淘汰3万吨/年以下酒精生产线（废糖蜜制酒精除外）；生产能力12000瓶/时以下的玻璃瓶啤酒灌装生产线；生产能力150瓶/分钟以下（瓶容在250毫升及以下）的碳酸饮料生产线；日处理原料乳能力（两班）20吨以下浓缩、喷雾干燥等生产线；200千克/小时以下的手动及半自动液体乳灌装生产线。
食品制造业：淘汰3万吨/年以下味精生产线；2万吨/年及以下柠檬酸生产线。
医药制造业：淘汰手工胶囊填充工艺，软木塞烫腊包装药品工艺，塔式重蒸馏水器、无净化设施的热风干燥箱、“三废”治理不能达到国家标准的原料药生产装置等。
皮革制品行业：淘汰年加工生皮能力5万标张牛皮、年加工蓝湿皮能力3万标张牛皮以下的制革生产线。
其他：淘汰列入国家发展改革委《
产业结构调整指导目录（2011年本）淘汰类和国家工业和信息化部《部分工业行业淘汰落后生产工艺装备和产品指导目录（2010年本）》的其他所有工艺、设备、产品和产能。
珠江三角洲地区要根据当地产业结构调整转型和区域总量控制的需求，在上述淘汰落后产能措施的基础上进一步加大主要水污染行业结构调整的力度。
②推进工业深度治理，提升工业减排潜力。
为提升工业减排潜力，对于生产规模较大的企业，要求企业通过增加污染治理设施，提升污染治理技术，减小污染物排放量。工业企业深度治理主要包括以下两大方面：
加强工业企业污染设施治理建设，提升企业清洁生产水平：通过淘汰落后治理工艺，完善治理措施，使企业治理后出水浓度与治理前相比较降低30%以上。提升企业清洁生产水平，减小工业用水量，促进企业实施清洁生产和再生水利用工程，使企业新鲜水用量和废水排放量减少30%以上。引导企业入园，共建共用污水处理设施，提高污染治理设施的利用效率，降低企业的污染物排放量。
珠江三角洲地区企业实行特别排放限值：珠江三角洲地区电镀、纺织染整、制浆造纸合成革与人造革、制糖行业化学需氧量与氨氮排放量分别执行《电镀污染物排放标准》、《纺织染整工业水污染物排放标准》、《制浆
造纸工业水污染物排放标准》、《制糖工业水污染物排放标准》中的特别排放限值。
水污染重点工业行业的具体深度治理措施如下：
造纸行业：要限期建设碱回收装置，黑液提取率达到90%以上，完善中段水生化处理工艺，稳定达到新的行业排放标准。大中型废纸造纸企业都要完善废水生化处理设施。
纺织行业：大力推广高效短流程前处理、少水无水印染先进技术、在线检测与控制、印染废水回收利用技术、印染工业园区废水集中处理模式、印染废水综合治理技术等节能减排主流技术。
农副食品加工业：制糖企业要采用循环供水工艺提高低浓度废水循环利用率，采用干法输送甜菜制糖、无滤布甘蔗制糖等生产工艺，减少中高浓度废水产生量；采用闭路循环回用处理中浓度废水，采用厌氧-好氧技术处理高浓度废水，推行废糖蜜集中生产酒精并集中治理酒精废液的处理方式。淀粉行业采用以生化为主的处理工艺对废水进行处理。屠宰行业逐步提高血水回收率，减少粪便排放，降低废水污染物浓度，采用厌氧-好氧等成熟处理工艺。
化学原料及化学品制造业：现有大型企业、新建项目、敏感地区氮肥行业企业的废水排放量下降到10立方米/吨氨，其他中小型企业废水排放量下降到20立方米/吨氨。农药行业重点开发和推广先进的农药三废处理技术，如氨氮废水减排及资源化利用关键技术、农药废水高效组合催化氧化处理技术、含氰农药废水超低排放处理新技术、含吡啶农药废水的资源化回收和超低排放新技术等。染料行业要推广催化技术、三氧化硫磺化技术、连续硝化技术、绝热硝化技术、定向氯化技术等清洁生产工艺，加强冷却水系统工艺管理，提高循环水利用。采用多级絮凝-多级生化工艺进行处理。
