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污染防治与生态保护并重的原则。坚持以防为主、防治结合，因地制宜、综合治理；结合目前海洋资源环境状况，采取有效措施，预防污染事件发生，改善海洋环境质量，保障生态平衡；实施陆海兼顾、统筹保护方针，加强海域污染治理与生态保护，抓住重点陆源污染问题，优先安排陆海两利项目；在加强陆域环境保护的同时，加大船舶、石油平台等海上污染源的监管力度，做好突发性污染事故的应急防范；结合海洋污染控制与生态保护实际，着力解决和切实做好流域水环境保护与海洋生态保护协调衔接。
依靠科技进步与突出创新的原则。充分发挥科技作为第一生产力的先导性、全局性和基础性功能，注重集成优势科技力量、依靠科技进步，增强科技对海洋环境保护的带动和支撑作用；加快海洋科技创新体系建设，应用新技术、新方法和新理论，改变环境和海洋资源利用方式，提高海洋生态环境建设能力和保护水平；培养海洋科学研究、海洋技术应用、海洋开发与管理、海洋产业发展等各类所需人才，大幅度提高科技对改善环境质量的支撑能力和贡献率。
（三）规划目标。
全面贯彻落实《全国海洋经济发展规划纲要》、《广西北部湾经济区发展规划纲要》确定的海洋环境保护任务，采取有效措施，确保重要海洋生态系统和重点海域污染物排放总量得到有效监控，保障北海近岸海域生态环境安全；完善海洋环保法规、标准、政策体系，健全海洋环境管理体制和监控制度，进一步强化海洋环境保护工作和管理职能；以海域环境容量控制陆源污染物排放总量，加大环保监督和执法力度，改善近岸海域水质状况；海域环境污染和生态灾害得到有效控制，自然保护区和海洋功能区功能总体稳定；加速海洋生态建设进展，恢复受损的重要生态系统功能，实现海洋生态环境良性循环。
1．近期目标（2010年～2015年）：全面提升北海海洋环境保护能力，逐步加大环境整治力度，局部海域环境污染得到控制，生态环境破坏状况有所减轻，重点海域港湾环境质量达到海洋功能区要求，海洋环境得到有效保护。
（1）建立高效率、专业化、多样化、共享化、现代化的信息系统，形成有效覆盖北海沿海典型生态系统、海洋功能区、污染源及海洋生态灾害多发区域的监测、监视网络并实施有效监控。
（2）建立北海沿海海洋生态灾害应急响应系统，制定和实施各类海洋灾害预案，有效防治溢油、赤潮、外来物种入侵、海岸侵蚀等海洋生态灾害。
（3）建立健全地方性海洋环境保护法规体系，全面提高沿海行政执法能力，有效拓宽海洋执法监察的覆盖范围。
（4）进一步加强沿海环境、物种及海洋资源保护。完善现有海洋自然保护区建设，增设新的特别保护区，使海洋自然保护区和特别海洋保护区总面积分别达到管辖海域总面积的3%和2%左右。
（5）通过环境综合整治工程、污染治理工程、生态保护与修复工程的实施，建立和完善污染物排海总量控制制度，有效控制和削减陆源污染物排海总量，90%陆源排污口达标排放，实现海洋功能区环境质量达标，基本遏制沿海生态环境退化趋势；两个重点港湾（铁山港湾、廉州湾）和2条主要入海河流（南流江、大风江）控制断面主要水质标准达到所属海洋功能区域的要求。
（6）进一步压缩近海捕捞，调整捕捞作业结构，加快发展远洋捕捞，初步恢复近海渔业资源。
（7）确保涠洲岛、斜阳岛等重要海岛生态系统保持健康良好的状态，形成海岛生态经济体系，实现自然生态系统和经济系统的良性循环。
（8）规范和加强海洋工程管理，完善船舶污染物排放监控系统和船舶污染物排放管理制度，建立船舶防污底系统污染和含有外来水生物种压舱水排放的有效监控制度，加强海洋废弃物倾倒管理工作，减少海源污染。
（9）开展生态养殖示范区和海岸带生态环境保护示范区建设；推行清洁生产，加强沿海城市环保基础设施建设。
2．中期目标（2015— 2020）：建立并完善海洋环境保护法律和法规体系、科学管理体系和有效监控体系，加强北海海洋环境监管能力，使沿海海洋污染综合整治和生态环境保护取得明显成效，局部污染得到有效控制；完善自然生态环境保护，近岸海域水质全部达到海洋功能区划和环境功能区域目标；继续保持北海沿海海洋生态环境优良状态，不断提高北海海洋健康水平和可持续发展能力。
（四）环境管理控制区划。
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