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（三）财政审计科拟定本地区预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计地区本级预算执行情况、地区地方税务局系统税收征管情况、地区国库办理地区级预算资金的收纳拨付情况；负责对县市人民政府预算执行情况和决算进行审计监督；负责对地区财政局、地方税务局及其下属单位的财务收支状况进行审计监督；开展专项审计调查。
（四）金融外资审计科负责经自治区审计厅授权的对国家金融机构、保险机构的资产、负债、损益情况以及对国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支情况的审计工作；负责经行署专员授权对地方金融机构的资产、负债和损益情况的审计工作。
（五）行政事业审计科负责审计与地区财政有拨款关系的地区人大工作委员会机关、地区政协工作委员会机关、地区人民法院机关、地区人民检察院机关和地区文教、卫生、科研系统、社会团体以及部分党政机关及其所属事业单位的财政收支；开展专项资金审计和专项审计调查。
（六）农林水牧审计科负责审计地区农业、林业、水利、畜牧等系统和所属事业单位的财务收支、预算外资金的管理、使用情况；负责审计地区有关部门管理和受行署委托由社会团体管理的农林水利、环境保护、扶贫开发等专项资金的筹集、管理、使用情况；开展专项资金审计和审计调查。
（七）固定资产投资审计科根据有关法律法规规定，对自治区审计厅安排的统一项目和对口援建项目及全地区重点建设项目的概预算执行和决算进行审计监督；组织对其他政府投资建设项目的审计监督；开展专项资金审计和专项审计调查；委托社会中介机构对政府投资建设项目进行审计监督；对委托中介机构出具的审计报告进行审核监督。
（八）经济责任审计一科按规定组织对地区有关部门党政领导干部和地区国有企业法定代表人进行任期经济责任审计；开展专项资金审计和专项审计调查；组织、协调、指导县市审计机关对党政领导干部和地区国有企业法定代表人进行任期经济责任审计业务。
（九）经济责任审计二科按规定深入推进对县市、乡镇党政领导干部任期经济责任审计。
（十）人事教育科负责机构编制、人事管理工作，负责制定全局干部职工教育培训计划，承担全地区审计机关审计干部教育培训的具体实施工作；负责审计专业技术职称考评等有关工作；负责全地区审计方面的宣传报道和相关信息收集、整理工作。
（十一）审计督察科负责督察审计决定、审计建议纠正、处理事项的落实。督察审计报告、审计信息被各级党政及上级审计机关批示整改事项落实情况。督察移交移送涉嫌个人经济问题由纪检、监察、司法机关查处事项的落实等。
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