生产基地在所在区未单独进行工商、税务注册登记的，则该企业的所有税收由总机构统一缴入横琴新区国库，属地方财政留成收入部分，由横琴新区和生产基地所在区按比例分成，横琴新区分成10%，生产基地所在区分成90%。
分成税款由横琴新区和生产基地所在区双方财政部门直接结算划解，当年7月份结算上半年税款，次年1月份进行全年税款的清算划解，市财政予以协调、监督。有关横琴跨区总分机构企业的纳税情况由横琴新区国税局、地税局协助提供。
四、第三种类型企业（市内迁移企业）的税收分配
（一）市内企业迁移横琴新区事实界定。
市内企业迁移落户横琴新区，是指市内企业将其生产经营、销售业务转移到横琴新区开展，并将企业工商注册登记地址和生产、经营地址从市内其他区域改为注册在横琴新区管辖范围内的行为。
对市内企业迁移落户横琴新区的，工商部门应结合横琴新区的产业发展目录依法予以办理工商变更登记；税务部门应核实企业的实际经营地址予以办理税务变更登记。
（二）迁移企业备案登记。
对确属从市内迁移落户至横琴新区的企业，由企业迁出地政府提供企业名单及其变更前后的工商注册登记证和税务登记证复印件，以及企业迁移前三个年度的纳税情况，报市财政局备案登记。
（三）税收分配原则。
从市内迁移落户到横琴新区的企业，其税收按照属地征收原则，由横琴新区征收，并缴入横琴新区国库。其中留归横琴地方财政收入部分，由横琴新区和企业迁出地政府按比例分成。
（四）税收分配比例。
应由横琴新区和市内企业迁出地政府按比例分成的税收收入，按照该企业迁移前三个年度归属当地政府的平均纳税额为基数，基数收入全额留归迁出地政府，超基数部分由横琴新区和迁出地政府按3：7比例分成，横琴新区分成30%，迁出地政府分成70%。迁移企业的纳税数额，由市国税、地税部门予以核实。
（五）分成结算办法。
横琴新区与市内企业迁出地政府之间的分成事项，通过市财政统一结算。其中迁移企业的纳税基数地方分享部分，作为横琴新区每年的固定上解基数，分上、下半年两次划解市财政；当年纳税超基数收入地方分享部分，由横琴新区按照70%比例作专项上解支出，再由市财政转拨相关区财政。超基数收入按照企业迁移横琴后适用的所得税率进行前后对比计算。
